[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルThe late stages of yeast mitoribosome large subunit biogenesis.
ジャーナル・号・ページBiochim Biophys Acta Mol Cell Res, Vol. 1872, Issue 8, Page 120051, Year 2025
掲載日2025年8月25日
著者Sorbhi Rathore / Julian Conrad / Dasmanthie De Silva / Alberto Ferrari / Danielle Bouquio / Hyung-Jun Kim / Roger Salvatori / Andreas Linden / Olexandr Dybkov / Henning Urlaub / Martin Ott / Antoni Barrientos /
PubMed 要旨The Saccharomyces cerevisiae mitoribosome synthesizes eight mitochondrial DNA-encoded proteins essential for oxidative phosphorylation. Mitoribosome large subunit (mtLSU) biogenesis involves the ...The Saccharomyces cerevisiae mitoribosome synthesizes eight mitochondrial DNA-encoded proteins essential for oxidative phosphorylation. Mitoribosome large subunit (mtLSU) biogenesis involves the conserved DEAD-box helicase Mrh4 and the GTPases Mtg1/GTPBP7 and Mtg2/GTPBP5. Here, we have employed genetic, biochemical, in vitro reconstitution, and cryo-EM approaches to elucidate their hierarchical action during the late stages of mtLSU assembly. We show that Mrh4-mediated bL33m incorporation precedes Mtg1 recruitment to the 21S rRNA. Cryo-EM structures of mitoribosome assembly intermediates accumulating in the absence of Mtg1 or uL16m reveal that Mtg1 restructures the 21S rRNA H73-75 and H93 domains to their mature fold. This subsequently allows the structuring of neighboring peptidyl transfer center region helices and the incorporation of uL6m, uL16m, bL35m, and bL36m during late mtLSU maturation. Unexpectedly, monosomes containing immature mtLSU assemble in Mrh4-, bL33m-, uL16m-, Mtg1-, and Mtg2-depleted mitochondria, at levels that increase with the maturation state of the mtLSU particle. Our data have shed light on the rRNA folding events and the structuring of the MRPs that occur during the late stages of assembly. They have provided insight into the roles of assembly factors Mrh4, Mtg1, and Mtg2 during the process and revealed evolutionarily conserved mechanisms underlying mitochondrial ribosome assembly.
リンクBiochim Biophys Acta Mol Cell Res / PubMed:40865570 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 6.0 Å
構造データ

EMDB-16559: Structure of the yeast delta mtg1 mitochondrial ribosome assembly intermediate - State1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-16560: Structure of the yeast delta mtg1 mitochondrial ribosome assembly intermediate - State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

EMDB-16561: Structure of the yeast delta mtg1 mitochondrial ribosome - State 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-16562: Structure of the yeast delta uL16m mitochondrial ribosome assembly intermediate - State 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-16590: Structure of the yeast delta uL16m mitochondrial ribosome - State 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る