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Structure paper

タイトルA Bayesian approach to single-particle electron cryo-tomography in RELION-4.0.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 11, Year 2022
掲載日2022年12月5日
著者Jasenko Zivanov / Joaquín Otón / Zunlong Ke / Andriko von Kügelgen / Euan Pyle / Kun Qu / Dustin Morado / Daniel Castaño-Díez / Giulia Zanetti / Tanmay A M Bharat / John A G Briggs / Sjors H W Scheres /
PubMed 要旨We present a new approach for macromolecular structure determination from multiple particles in electron cryo-tomography (cryo-ET) data sets. Whereas existing subtomogram averaging approaches are ...We present a new approach for macromolecular structure determination from multiple particles in electron cryo-tomography (cryo-ET) data sets. Whereas existing subtomogram averaging approaches are based on 3D data models, we propose to optimise a regularised likelihood target that approximates a function of the 2D experimental images. In addition, analogous to Bayesian polishing and contrast transfer function (CTF) refinement in single-particle analysis, we describe the approaches that exploit the increased signal-to-noise ratio in the averaged structure to optimise tilt-series alignments, beam-induced motions of the particles throughout the tilt-series acquisition, defoci of the individual particles, as well as higher-order optical aberrations of the microscope. Implementation of our approaches in the open-source software package RELION aims to facilitate their general use, particularly for those researchers who are already familiar with its single-particle analysis tools. We illustrate for three applications that our approaches allow structure determination from cryo-ET data to resolutions sufficient for de novo atomic modelling.
リンクElife / PubMed:36468689 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度3.0 - 3.8 Å
構造データ

15949

8bsh

EMDB-15949: COPII inner coat reprocessed with relion4.0
PDB-8bsh: COPII inner coat
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.8 Å

16183

8bqe

EMDB-16183, PDB-8bqe:
In situ structure of the Caulobacter crescentus S-layer
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-16207: HIV-1 CA-SP1 subtomogram average with Relion4 from EMPIAR-10164 dataset, 3.2 A from 5 tomograms
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-16209: HIV-1 CA-SP1 subtomogram average with Relion4 from EMPIAR-10164 dataset, 3.0 A from the full dataset
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Saccharomyces cerevisiaeaSaccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
  • caulobacter vibrioides na1000 (バクテリア)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / RsaA S-layer sub-tomogram averaging Caulobacter / PROTEIN TRANSPORT / COPII

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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