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Structure paper

タイトルMolecular interactions in rotavirus assembly and uncoating seen by high-resolution cryo-EM.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 106, Issue 26, Page 10644-10648, Year 2009
掲載日2009年6月30日
著者James Z Chen / Ethan C Settembre / Scott T Aoki / Xing Zhang / A Richard Bellamy / Philip R Dormitzer / Stephen C Harrison / Nikolaus Grigorieff /
PubMed 要旨Rotaviruses, major causes of childhood gastroenteritis, are nonenveloped, icosahedral particles with double-strand RNA genomes. By the use of electron cryomicroscopy and single-particle ...Rotaviruses, major causes of childhood gastroenteritis, are nonenveloped, icosahedral particles with double-strand RNA genomes. By the use of electron cryomicroscopy and single-particle reconstruction, we have visualized a rotavirus particle comprising the inner capsid coated with the trimeric outer-layer protein, VP7, at a resolution (4 A) comparable with that of X-ray crystallography. We have traced the VP7 polypeptide chain, including parts not seen in its X-ray crystal structure. The 3 well-ordered, 30-residue, N-terminal "arms" of each VP7 trimer grip the underlying trimer of VP6, an inner-capsid protein. Structural differences between free and particle-bound VP7 and between free and VP7-coated inner capsids may regulate mRNA transcription and release. The Ca(2+)-stabilized VP7 intratrimer contact region, which presents important neutralizing epitopes, is unaltered upon capsid binding.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:19487668 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 5.5 Å
構造データ

1571

3gzt

3gzu

EMDB-1571, PDB-3gzt, PDB-3gzu:
VP7 recoated rotavirus DLP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

1609

3gzt

3gzu

EMDB-1609: VP6-VP7 complex structure from VP7 recoated rotavirus DLP
PDB-3gzt: VP7 recoated rotavirus DLP
PDB-3gzu: VP7 recoated rotavirus DLP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • Bos taurus (ウシ)
  • rhesus rotavirus (ウイルス)
  • rotavirus a (ロタウイルス A)
キーワードVIRUS (ウイルス) / rotavirus (ロタウイルス) / VP7 / VP6 / VP2 / 7RP / DLP / Icosahedral virus / Capsid protein (カプシド) / Disulfide bond (ジスルフィド) / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Membrane (生体膜) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Virion (ウイルス) / Metal-binding / Zinc (亜鉛) / Core protein (カプシド) / RNA-binding / Icosaderal virus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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