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タイトルSARS-CoV-2 nsp3 and nsp4 are minimal constituents of a pore spanning replication organelle.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 7894, Year 2023
掲載日2023年11月30日
著者Liv Zimmermann / Xiaohan Zhao / Jana Makroczyova / Moritz Wachsmuth-Melm / Vibhu Prasad / Zach Hensel / Ralf Bartenschlager / Petr Chlanda /
PubMed 要旨Coronavirus replication is associated with the remodeling of cellular membranes, resulting in the formation of double-membrane vesicles (DMVs). A DMV-spanning pore was identified as a putative portal ...Coronavirus replication is associated with the remodeling of cellular membranes, resulting in the formation of double-membrane vesicles (DMVs). A DMV-spanning pore was identified as a putative portal for viral RNA. However, the exact components and the structure of the SARS-CoV-2 DMV pore remain to be determined. Here, we investigate the structure of the DMV pore by in situ cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging. We identify non-structural protein (nsp) 3 and 4 as minimal components required for the formation of a DMV-spanning pore, which is dependent on nsp3-4 proteolytic cleavage. In addition, we show that Mac2-Mac3-DPUP-Ubl2 domains are critical for nsp3 oligomerization and crown integrity which influences membrane curvature required for biogenesis of DMVs. Altogether, SARS-CoV-2 nsp3-4 have a dual role by driving the biogenesis of replication organelles and assembly of DMV-spanning pores which we propose here to term replicopores.
リンクNat Commun / PubMed:38036567 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度18.0 - 30.0 Å
構造データ

EMDB-15925: Cryo-electron tomogram acquired on cryo-lamella of VeroE6 cells transfected with SARS-CoV-2 HA-nsp3-4-V5, plunge frozen at 16 hpt
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15926: Cryo-electron tomogram of VeroE6 cells transfected with HA-nsp3-deltaUbl1-Ubl2-nsp4-V5, plunge frozen at 16 hpt
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15927: Cryo-electron tomogram of VeroE6 cells transfected with HA-nsp3-deltaUbl1-Mac1-nsp4-V5. Cells were plunge-frozen at 16h post-transfection and subjected to cryo-FIB milling.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15928: Cryo-electron tomogram of VeroE6 cells transfected with HA-GG>AA-nsp4-V5, plunge-frozen at 16 hpt and subjected to cryo-FIB milling.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15929: Cryo-electron tomogram of VeroE6 cells transfected with nsp3-4, vitrified by plunge-freezing at 16 hours post transfection and processed by cryo-FIB milling.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-15963: Subtomogram average SARS-CoV-2 nsp3-4 from cryo-ET of VeroE6 expressing nsp3-4 (filtered to 20A resolution).
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.3 Å

EMDB-15964: Subtomogram averaging of SARS-CoV-2 nsp3-4 delta Ubl1-Mac1 obtained from cryo-ET of cryo-FIB milled VeroE6 cells transfected with nsp3-4 delta Ubl1-Mac1
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.0 Å

EMDB-15965: Subtomogram average of SARS-CoV-2 nsp3-4 delate Ubl1-Ubl2 obtained from cryo-ET of cryo-FIB milled VeroE6 cells transfected with nsp3-4 delta Ubl1-Ubl2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 30.0 Å

由来
  • Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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