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タイトルStructure of a volume-regulated heteromeric LRRC8A/C channel.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 1, Page 52-61, Year 2023
掲載日2022年12月15日
著者Sonja Rutz / Dawid Deneka / Antje Dittmann / Marta Sawicka / Raimund Dutzler /
PubMed 要旨Volume-regulated anion channels (VRACs) participate in the cellular response to osmotic swelling. These membrane proteins consist of heteromeric assemblies of LRRC8 subunits, whose compositions ...Volume-regulated anion channels (VRACs) participate in the cellular response to osmotic swelling. These membrane proteins consist of heteromeric assemblies of LRRC8 subunits, whose compositions determine permeation properties. Although structures of the obligatory LRRC8A, also referred to as SWELL1, have previously defined the architecture of VRACs, the organization of heteromeric channels has remained elusive. Here we have addressed this question by the structural characterization of murine LRRC8A/C channels. Like LRRC8A, these proteins assemble as hexamers. Despite 12 possible arrangements, we find a predominant organization with an A:C ratio of two. In this assembly, four LRRC8A subunits cluster in their preferred conformation observed in homomers, as pairs of closely interacting proteins that stabilize a closed state of the channel. In contrast, the two interacting LRRC8C subunits show a larger flexibility, underlining their role in the destabilization of the tightly packed A subunits, thereby enhancing the activation properties of the protein.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:36522427 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.1 - 18.2 Å
構造データ

EMDB-15835: Cryo-EM structure of homomeric LRRC8C Volume-Regulated Anion Channel
PDB-8b40: Structure of homomeric LRRC8C Volume-Regulated Anion Channel
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-15836: Cryo-EM structure of heteromeric LRRC8A/C (1:1 co-transfected) Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1
PDB-8b41: Structure of heteromeric LRRC8A/C (1:1 co-transfected) Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-15837: Cryo-EM structure of heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel
PDB-8b42: Structure of heteromeric LRRC8A/C Volume-Regulated Anion Channel.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-15838: Cryo-EM structure of heteromeric LRRC8A/C (1:3 co-transfected) Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.5 Å

EMDB-15839: Cryo-EM structure of heteromeric LRRC8A/C (endogenous) Volume-Regulated Anion Channel in complex with synthetic nanobody Sb1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.2 Å

EMDB-15840: Cryo-EM structure of homomeric LRRC8A_SAM Volume-Regulated Anion Channel
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-15841: Cryo-EM structure of heteromeric LRRC8A_SAM/C Volume-Regulated Anion Channel
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

PDB-8ben:
LRR domain Structure of the LRRC8C protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • synthetic construct (人工物)
  • Homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel / Volume-regulated anion channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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