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タイトルCryo-EM structures and binding of mouse and human ACE2 to SARS-CoV-2 variants of concern indicate that mutations enabling immune escape could expand host range.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 19, Issue 4, Page e1011206, Year 2023
掲載日2023年4月5日
著者Dongchun Ni / Priscilla Turelli / Bertrand Beckert / Sergey Nazarov / Emiko Uchikawa / Alexander Myasnikov / Florence Pojer / Didier Trono / Henning Stahlberg / Kelvin Lau /
PubMed 要旨Investigation of potential hosts of the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) is crucial to understanding future risks of spillover and spillback. SARS-CoV-2 has been reported ...Investigation of potential hosts of the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) is crucial to understanding future risks of spillover and spillback. SARS-CoV-2 has been reported to be transmitted from humans to various animals after requiring relatively few mutations. There is significant interest in describing how the virus interacts with mice as they are well adapted to human environments, are used widely as infection models and can be infected. Structural and binding data of the mouse ACE2 receptor with the Spike protein of newly identified SARS-CoV-2 variants are needed to better understand the impact of immune system evading mutations present in variants of concern (VOC). Previous studies have developed mouse-adapted variants and identified residues critical for binding to heterologous ACE2 receptors. Here we report the cryo-EM structures of mouse ACE2 bound to trimeric Spike ectodomains of four different VOC: Beta, Omicron BA.1, Omicron BA.2.12.1 and Omicron BA.4/5. These variants represent the oldest to the newest variants known to bind the mouse ACE2 receptor. Our high-resolution structural data complemented with bio-layer interferometry (BLI) binding assays reveal a requirement for a combination of mutations in the Spike protein that enable binding to the mouse ACE2 receptor.
リンクPLoS Pathog / PubMed:37018380 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.92 - 4.4 Å
構造データ

15588

8aqs

EMDB-15588, PDB-8aqs:
BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to human ACE2 (local)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

15589

8aqt

EMDB-15589, PDB-8aqt:
Beta SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

15590

8aqu

EMDB-15590, PDB-8aqu:
BA.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.22 Å

15591

8aqv

EMDB-15591, PDB-8aqv:
BA.2.12.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

15592

8aqw

EMDB-15592, PDB-8aqw:
BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-COV2 / omicron / Spike / RBD / mouse / ACE2 / ANTIVIRAL PROTEIN / BA4/5 / Beta / BA.1 / BA2.12.1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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