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タイトルStructural plasticity of bacterial ESCRT-III protein PspA in higher-order assemblies.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Year 2024
掲載日2024年8月16日
著者Benedikt Junglas / Esther Hudina / Philipp Schönnenbeck / Ilona Ritter / Anja Heddier / Beatrix Santiago-Schübel / Pitter F Huesgen / Dirk Schneider / Carsten Sachse /
PubMed 要旨Eukaryotic members of the endosome sorting complex required for transport-III (ESCRT-III) family have been shown to form diverse higher-order assemblies. The bacterial phage shock protein A (PspA) ...Eukaryotic members of the endosome sorting complex required for transport-III (ESCRT-III) family have been shown to form diverse higher-order assemblies. The bacterial phage shock protein A (PspA) has been identified as a member of the ESCRT-III superfamily, and PspA homo-oligomerizes to form rod-shaped assemblies. As observed for eukaryotic ESCRT-III, PspA forms tubular assemblies of varying diameters. Using electron cryo-electron microscopy, we determined 61 Synechocystis PspA structures and observed in molecular detail how the structural plasticity of PspA rods is mediated by conformational changes at three hinge regions in the monomer and by the fixed and changing molecular contacts between protomers. Moreover, we reduced and increased the structural plasticity of PspA rods by removing the loop connecting helices α3/α4 and the addition of nucleotides, respectively. Based on our analysis of PspA-mediated membrane remodeling, we suggest that the observed mode of structural plasticity is a prerequisite for the biological function of ESCRT-III members.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39152237
手法EM (らせん対称)
解像度3.8 - 6.9 Å
構造データ

EMDB-15489, PDB-8akq:
180 A SynPspA rod after incubation with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-15490, PDB-8akr:
200 A SynPspA rod after incubation with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-15491, PDB-8aks:
215 A SynPspA rod after incubation with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-15492, PDB-8akt:
235 A SynPspA rod after incubation with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-15493, PDB-8aku:
250 A SynPspA rod after incubation with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-15494, PDB-8akv:
270 A SynPspA rod after incubation with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-15495, PDB-8akw:
280 A SynPspA rod after incubation with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-15496, PDB-8akx:
305 A SynPspA rod after incubation with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-15497, PDB-8aky:
290 A SynPspA rod after incubation with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-15498, PDB-8akz:
320 A SynPspA rod after incubation with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-15499, PDB-8al0:
365 A SynPspA rod after incubation with ATP
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.9 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • synechocystis sp. pcc 6803 (バクテリア)
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Nucleotide binding / Helical assembly / ESCRT-III fold / Membrane remodeling

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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