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Structure paper

タイトルStructural mechanism of CRL4-instructed STAT2 degradation via a novel cytomegaloviral DCAF receptor.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 42, Issue 5, Page e112351, Year 2023
掲載日2023年3月1日
著者Vu Thuy Khanh Le-Trilling / Sofia Banchenko / Darius Paydar / Pia Madeleine Leipe / Lukas Binting / Simon Lauer / Andrea Graziadei / Robin Klingen / Christine Gotthold / Jörg Bürger / Thilo Bracht / Barbara Sitek / Robert Jan Lebbink / Anna Malyshkina / Thorsten Mielke / Juri Rappsilber / Christian Mt Spahn / Sebastian Voigt / Mirko Trilling / David Schwefel /
PubMed 要旨Human cytomegalovirus (CMV) is a ubiquitously distributed pathogen whose rodent counterparts such as mouse and rat CMV serve as common infection models. Here, we conducted global proteome profiling ...Human cytomegalovirus (CMV) is a ubiquitously distributed pathogen whose rodent counterparts such as mouse and rat CMV serve as common infection models. Here, we conducted global proteome profiling of rat CMV-infected cells and uncovered a pronounced loss of the transcription factor STAT2, which is crucial for antiviral interferon signalling. Via deletion mutagenesis, we found that the viral protein E27 is required for CMV-induced STAT2 depletion. Cellular and in vitro analyses showed that E27 exploits host-cell Cullin4-RING ubiquitin ligase (CRL4) complexes to induce poly-ubiquitylation and proteasomal degradation of STAT2. Cryo-electron microscopy revealed how E27 mimics molecular surface properties of cellular CRL4 substrate receptors called DCAFs (DDB1- and Cullin4-associated factors), thereby displacing them from the catalytic core of CRL4. Moreover, structural analyses showed that E27 recruits STAT2 through a bipartite binding interface, which partially overlaps with the IRF9 binding site. Structure-based mutations in M27, the murine CMV homologue of E27, impair the interferon-suppressing capacity and virus replication in mouse models, supporting the conserved importance of DCAF mimicry for CMV immune evasion.
リンクEMBO J / PubMed:36762436 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.78 - 4.8 Å
構造データ

14802

7zn7

EMDB-14802, PDB-7zn7:
Cryo-EM structure of RCMV-E E27 bound to human DDB1 (deltaBPB) and rat STAT2 CCD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.78 Å

14812

7znn

EMDB-14812, PDB-7znn:
Cryo-EM structure of RCMV-E E27 bound to human DDB1 (deltaBPB) and full-length rat STAT2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • murid betaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードVIRUS (ウイルス) / Interferon (インターフェロン) / ubiquitin-proteasome system (プロテアソーム) / Cullin-RING ubiquitin ligases (CRL) / DDB1 / DCAFs / viral DCAF (vDCAF) / cytomegalovirus (サイトメガロウイルス) / STAT2 / IRF9

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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