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タイトルVASH1-SVBP and VASH2-SVBP generate different detyrosination profiles on microtubules.
ジャーナル・号・ページJ Cell Biol, Vol. 222, Issue 2, Year 2023
掲載日2023年2月6日
著者Sacnicte Ramirez-Rios / Sung Ryul Choi / Chadni Sanyal / Thorsten B Blum / Christophe Bosc / Fatma Krichen / Eric Denarier / Jean-Marc Soleilhac / Béatrice Blot / Carsten Janke / Virginie Stoppin-Mellet / Maria M Magiera / Isabelle Arnal / Michel O Steinmetz / Marie-Jo Moutin /
PubMed 要旨The detyrosination/tyrosination cycle of α-tubulin is critical for proper cell functioning. VASH1-SVBP and VASH2-SVBP are ubiquitous enzymes involved in microtubule detyrosination, whose mode of ...The detyrosination/tyrosination cycle of α-tubulin is critical for proper cell functioning. VASH1-SVBP and VASH2-SVBP are ubiquitous enzymes involved in microtubule detyrosination, whose mode of action is little known. Here, we show in reconstituted systems and cells that VASH1-SVBP and VASH2-SVBP drive the global and local detyrosination of microtubules, respectively. We solved the cryo-electron microscopy structure of VASH2-SVBP bound to microtubules, revealing a different microtubule-binding configuration of its central catalytic region compared to VASH1-SVBP. We show that the divergent mode of detyrosination between the two enzymes is correlated with the microtubule-binding properties of their disordered N- and C-terminal regions. Specifically, the N-terminal region is responsible for a significantly longer residence time of VASH2-SVBP on microtubules compared to VASH1-SVBP. We suggest that this VASH region is critical for microtubule detachment and diffusion of VASH-SVBP enzymes on lattices. Our results suggest a mechanism by which VASH1-SVBP and VASH2-SVBP could generate distinct microtubule subpopulations and confined areas of detyrosinated lattices to drive various microtubule-based cellular functions.
リンクJ Cell Biol / PubMed:36512346 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 Å
構造データ

14634

7zcw

EMDB-14634, PDB-7zcw:
Cryo-EM structure of GMPCPP-microtubules in complex with VASH2-SVBP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN BINDING / Microtubule / Enzyme / Complex / Detyrosination

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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