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タイトルArchitecture of the yeast Pol III pre-termination complex and pausing mechanism on poly(dT) termination signals.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 40, Issue 10, Page 111316, Year 2022
掲載日2022年9月6日
著者Mathias Girbig / Juanjuan Xie / Helga Grötsch / Domenico Libri / Odil Porrua / Christoph W Müller /
PubMed 要旨RNA polymerase (Pol) III is specialized to transcribe short, abundant RNAs, for which it terminates transcription on polythymine (dT) stretches on the non-template (NT) strand. When Pol III reaches ...RNA polymerase (Pol) III is specialized to transcribe short, abundant RNAs, for which it terminates transcription on polythymine (dT) stretches on the non-template (NT) strand. When Pol III reaches the termination signal, it pauses and forms the pre-termination complex (PTC). Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the yeast Pol III PTC and complementary functional states at resolutions of 2.7-3.9 Å. Pol III recognizes the poly(dT) termination signal with subunit C128 that forms a hydrogen-bond network with the NT strand and, thereby, induces pausing. Mutating key interacting residues interferes with transcription termination in vitro, impairs yeast growth, and causes global termination defects in vivo, confirming our structural results. Additional cryo-EM analysis reveals that C53-C37, a Pol III subcomplex and key termination factor, participates indirectly in Pol III termination. We propose a mechanistic model of Pol III transcription termination and rationalize why Pol III, unlike Pol I and Pol II, terminates on poly(dT) signals.
リンクCell Rep / PubMed:36070694
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.9 Å
構造データ

EMDB-14447, PDB-7z1l:
Structure of yeast RNA Polymerase III Pre-Termination Complex (PTC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-14448, PDB-7z1m:
Structure of yeast RNA Polymerase III Elongation Complex (EC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-14449, PDB-7z1n:
Structure of yeast RNA Polymerase III Delta C53-C37-C11
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-14450: Pol III PTC - Full transcription bubble
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-14451, PDB-7z1o:
Structure of yeast RNA Polymerase III PTC + NTPs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-4QM:
(3R,5S,7R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-10,13-dimethyl-17-[(2R)-pentan-2-yl]-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7,12-triol / 5β-コラン-3α,7α,12α-トリオ-ル

ChemComp-1N7:
CHAPSO / CHAPSO / 可溶化剤*YM / CHAPS detergent

由来
  • saccharomyces cerevisiae w303 (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA synthesis (転写 (生物学)) / short RNAs / termination

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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