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タイトルCryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 26, Issue 18, Page 4160-4167, Year 2007
掲載日2007年9月19日
著者Stefan Seitz / Stephan Urban / Christoph Antoni / Bettina Böttcher /
PubMed 要旨Hepatitis B virus (HBV) is a major human pathogen causing about 750,000 deaths per year. The virion consists of a nucleocapsid and an envelope formed by lipids, and three integral membrane proteins. ...Hepatitis B virus (HBV) is a major human pathogen causing about 750,000 deaths per year. The virion consists of a nucleocapsid and an envelope formed by lipids, and three integral membrane proteins. Although we have detailed structural insights into the organization of the HBV core, the arrangement of the envelope in virions and its interaction with the nucleocapsid is elusive. Here we show the ultrastructure of hepatitis B virions purified from patient serum. We identified two morphological phenotypes, which appear as compact and gapped particles with nucleocapsids in distinguishable conformations. The overall structures of these nucleocapsids resemble recombinant cores with two alpha-helical spikes per asymmetric unit. At the charged tips the spikes are contacted by defined protrusions of the envelope proteins, probably via electrostatic interactions. The HBV envelope in the two morphotypes is to some extent variable, but the surface proteins follow a general packing scheme with up to three surface protein dimers per asymmetric unit. The variability in the structure of the envelope indicates that the nucleocapsid does not firmly constrain the arrangement of the surface proteins, but provides a general template for the packing.
リンクEMBO J / PubMed:17762862 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度22.0 Å
構造データ

EMDB-1399:
Cryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
手法: EM (単粒子)

EMDB-1400:
Cryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-1401:
Cryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-1402:
Cryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-1403:
Cryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
手法: EM (単粒子)

EMDB-1404:
Cryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
手法: EM (単粒子)

EMDB-1405:
Cryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
手法: EM (単粒子)

EMDB-1406:
Cryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
手法: EM (単粒子)

EMDB-1407:
Cryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
手法: EM (単粒子)

EMDB-1408:
Cryo-electron microscopy of hepatitis B virions reveals variability in envelope capsid interactions.
手法: EM (単粒子)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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