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タイトルThe structural role of SARS-CoV-2 genetic background in the emergence and success of spike mutations: The case of the spike A222V mutation.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 18, Issue 7, Page e1010631, Year 2022
掲載日2022年7月11日
著者Tiziana Ginex / Clara Marco-Marín / Miłosz Wieczór / Carlos P Mata / James Krieger / Paula Ruiz-Rodriguez / Maria Luisa López-Redondo / Clara Francés-Gómez / Roberto Melero / Carlos Óscar Sánchez-Sorzano / Marta Martínez / Nadine Gougeard / Alicia Forcada-Nadal / Sara Zamora-Caballero / Roberto Gozalbo-Rovira / Carla Sanz-Frasquet / Rocío Arranz / Jeronimo Bravo / Vicente Rubio / Alberto Marina / / Ron Geller / Iñaki Comas / Carmen Gil / Mireia Coscolla / Modesto Orozco / José Luis Llácer / Jose-Maria Carazo /
PubMed 要旨The S:A222V point mutation, within the G clade, was characteristic of the 20E (EU1) SARS-CoV-2 variant identified in Spain in early summer 2020. This mutation has since reappeared in the Delta ...The S:A222V point mutation, within the G clade, was characteristic of the 20E (EU1) SARS-CoV-2 variant identified in Spain in early summer 2020. This mutation has since reappeared in the Delta subvariant AY.4.2, raising questions about its specific effect on viral infection. We report combined serological, functional, structural and computational studies characterizing the impact of this mutation. Our results reveal that S:A222V promotes an increased RBD opening and slightly increases ACE2 binding as compared to the parent S:D614G clade. Finally, S:A222V does not reduce sera neutralization capacity, suggesting it does not affect vaccine effectiveness.
リンクPLoS Pathog / PubMed:35816514 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 8.8 Å
構造データ

13916

7qdg

EMDB-13916, PDB-7qdg:
SARS-CoV-2 S protein S:A222V + S:D614G mutant 1-up
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-13917: SARS-CoV-2 S protein S:A222V + S:D614G mutant 2-up
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

EMDB-13918: SARS-CoV-2 S protein S:A222V + S:D614G mutant 3-down
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

13919

7qdh

EMDB-13919, PDB-7qdh:
SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-13920: SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 2-up
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
  • escherichia virus t4 (ウイルス)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / S protein / S:A222V + S:D614G mutant / S:D614G mutant

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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