[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルAntigenic structure of the human coronavirus OC43 spike reveals exposed and occluded neutralizing epitopes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 2921, Year 2022
掲載日2022年5月25日
著者Chunyan Wang / Emma L Hesketh / Tatiana M Shamorkina / Wentao Li / Peter J Franken / Dubravka Drabek / Rien van Haperen / Sarah Townend / Frank J M van Kuppeveld / Frank Grosveld / Neil A Ranson / Joost Snijder / Raoul J de Groot / Daniel L Hurdiss / Berend-Jan Bosch /
PubMed 要旨Human coronavirus OC43 is a globally circulating common cold virus sustained by recurrent reinfections. How it persists in the population and defies existing herd immunity is unknown. Here we focus ...Human coronavirus OC43 is a globally circulating common cold virus sustained by recurrent reinfections. How it persists in the population and defies existing herd immunity is unknown. Here we focus on viral glycoprotein S, the target for neutralizing antibodies, and provide an in-depth analysis of its antigenic structure. Neutralizing antibodies are directed to the sialoglycan-receptor binding site in S1 domain, but, remarkably, also to S1. The latter block infection yet do not prevent sialoglycan binding. While two distinct neutralizing S1 epitopes are readily accessible in the prefusion S trimer, other sites are occluded such that their accessibility must be subject to conformational changes in S during cell-entry. While non-neutralizing antibodies were broadly reactive against a collection of natural OC43 variants, neutralizing antibodies generally displayed restricted binding breadth. Our data provide a structure-based understanding of protective immunity and adaptive evolution for this endemic coronavirus which emerged in humans long before SARS-CoV-2.
リンクNat Commun / PubMed:35614127 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 4.4 Å
構造データ

13549

7pnm

EMDB-13549, PDB-7pnm:
Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 46C12 antibody Fab fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

13550

7pnq

EMDB-13550, PDB-7pnq:
Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 43E6 antibody Fab fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

13563

7po5

EMDB-13563, PDB-7po5:
Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 47C9 antibody Fab fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-13564: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 37F1 antibody Fab fragment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • human coronavirus oc43 (ヒトコロナウイルス OC43)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / Coronavirus / Glycoprotein / Antibody / Spike

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る