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Structure paper

タイトルA highly potent antibody effective against SARS-CoV-2 variants of concern.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 37, Issue 2, Page 109814, Year 2021
掲載日2021年10月12日
著者Craig Fenwick / Priscilla Turelli / Laurent Perez / Céline Pellaton / Line Esteves-Leuenberger / Alex Farina / Jérémy Campos / Erica Lana / Flurin Fiscalini / Charlène Raclot / Florence Pojer / Kelvin Lau / Davide Demurtas / Marc Descatoire / Victor S Joo / Mathilde Foglierini / Alessandra Noto / Rana Abdelnabi / Caroline S Foo / Laura Vangeel / Johan Neyts / Wenjuan Du / Berend-Jan Bosch / Geertruida Veldman / Pieter Leyssen / Volker Thiel / Roger LeGrand / Yves Lévy / Didier Trono / Giuseppe Pantaleo /
PubMed 要旨Control of the ongoing SARS-CoV-2 pandemic is endangered by the emergence of viral variants with increased transmission efficiency, resistance to marketed therapeutic antibodies, and reduced ...Control of the ongoing SARS-CoV-2 pandemic is endangered by the emergence of viral variants with increased transmission efficiency, resistance to marketed therapeutic antibodies, and reduced sensitivity to vaccine-induced immunity. Here, we screen B cells from COVID-19 donors and identify P5C3, a highly potent and broadly neutralizing monoclonal antibody with picomolar neutralizing activity against all SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) identified to date. Structural characterization of P5C3 Fab in complex with the spike demonstrates a neutralizing activity defined by a large buried surface area, highly overlapping with the receptor-binding domain (RBD) surface necessary for ACE2 interaction. We further demonstrate that P5C3 shows complete prophylactic protection in the SARS-CoV-2-infected hamster challenge model. These results indicate that P5C3 opens exciting perspectives either as a prophylactic agent in immunocompromised individuals with poor response to vaccination or as combination therapy in SARS-CoV-2-infected individuals.
リンクCell Rep / PubMed:34599871 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 4.3 Å
構造データ

13190

7p40

EMDB-13190, PDB-7p40:
P5C3 is a potent fab neutralizer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-13265:
the local resolution of Fab p5c3.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

13415

7phg

EMDB-13415, PDB-7phg:
MaP OF P5C3RBD Interface
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / spike / antibody / RBD

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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