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タイトルProgrammable polymorphism of a virus-like particle.
ジャーナル・号・ページCommun Mater, Vol. 3, Page 7, Year 2022
掲載日2022年2月7日
著者Artur P Biela / Antonina Naskalska / Farzad Fatehi / Reidun Twarock / Jonathan G Heddle /
PubMed 要旨Virus-like particles (VLPs) have significant potential as artificial vaccines and drug delivery systems. The ability to control their size has wide ranging utility but achieving such controlled ...Virus-like particles (VLPs) have significant potential as artificial vaccines and drug delivery systems. The ability to control their size has wide ranging utility but achieving such controlled polymorphism using a single protein subunit is challenging as it requires altering VLP geometry. Here we achieve size control of MS2 bacteriophage VLPs via insertion of amino acid sequences in an external loop to shift morphology to significantly larger forms. The resulting VLP size and geometry is controlled by altering the length and type of the insert. Cryo electron microscopy structures of the new VLPs, in combination with a kinetic model of their assembly, show that the abundance of wild type ( = 3), = 4, D3 and D5 symmetrical VLPs can be biased in this way. We propose a mechanism whereby the insert leads to a change in the dynamic behavior of the capsid protein dimer, affecting the interconversion between the symmetric and asymmetric conformers and thus determining VLP size and morphology.
リンクCommun Mater / PubMed:35284827 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.35 - 4.22 Å
構造データ

EMDB-12778:
MS2 coat protein dimer with 145-AHIVMVDAYKPTKGT-159 SpyTag insertion VLP displaying icosahedral T=3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

EMDB-12779:
MS2 coat protein dimer with 145-AHIVMVDAYKPTKGT-159 SpyTag insertion VLP displaying icosahedral T=4 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

EMDB-12780:
MS2 coat protein dimer with 145-AHIVMVDAYKPTKGT-159 SpyTag insertion VLP displaying fullerene C70-like D5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.22 Å

EMDB-12781:
MS2 coat protein dimer with 145-GGGSAHIVMVDAYKPTKGGGSGT-167 insertion VLP displaying icosahedral T=3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.51 Å

EMDB-12782:
MS2 coat protein dimer with 145-GGGSAHIVMVDAYKPTKGGGSGT-167 insertion VLP displaying icosahedral T=4 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-12783:
MS2 coat protein dimer with 145-GGGSAHIVMVDAYKPTKGGGSGT-167 insertion VLP displaying fullerene C70-like D5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

EMDB-12784:
MS2 coat protein dimer with 145-GGGSAHIVMVDAYKPTKGGGSGT-167 insertion VLP displaying fullerene C74-like D3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

EMDB-12785:
MS2 coat protein dimer with 145-GGGSYATMPIAKHVKDVGGGSGT-167 insertion VLP displaying icosahedral T=3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

EMDB-12786:
MS2 coat protein dimer with 145-GGGSYATMPIAKHVKDVGGGSGT-167 insertion VLP displaying icosahedral T=4 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

EMDB-12787:
MS2 coat protein dimer with 145-GGGSYATMPIAKHVKDVGGGSGT-167 insertion VLP displaying fullerene C70-like D5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-12788:
MS2 coat protein dimer with 145-GGGSYATMPIAKHVKDVGGGSGT-167 insertion VLP displaying fullerene C74-like D3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-12789:
MS2 coat protein dimer with 145-GGGSYATMPIAKHVKDVGGGSGT-167 insertion VLP displaying fullerene C78-like D3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-12790:
MS2 coat protein dimer with 145-GSGGGGSAHIVMVDAYKPTKGGGSGGSGT-173 insertion VLP displaying icosahedral T=3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.35 Å

EMDB-12791:
MS2 coat protein dimer with 145-GSGGGGSAHIVMVDAYKPTKGGGSGGSGT-173 insertion VLP displaying icosahedral T=4 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

EMDB-12792:
MS2 coat protein dimer with 145-GSGGGGSAHIVMVDAYKPTKGGGSGGSGT-173 insertion VLP displaying fullerene C70-like D5 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.09 Å

EMDB-12793:
MS2 coat protein dimer with 145-GSGGGGSAHIVMVDAYKPTKGGGSGGSGT-173 insertion VLP displaying fullerene C74-like D3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.92 Å

由来
  • Escherichia virus MS2 (ウイルス)
  • Enterobacteria phage MS2 (ファージ)
  • Escherichia phage MS2 (ファージ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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