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タイトルFollowing the signal sequence from ribosomal tunnel exit to signal recognition particle.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 444, Issue 7118, Page 507-511, Year 2006
掲載日2006年11月23日
著者Mario Halic / Michael Blau / Thomas Becker / Thorsten Mielke / Martin R Pool / Klemens Wild / Irmgard Sinning / Roland Beckmann /
PubMed 要旨Membrane and secretory proteins can be co-translationally inserted into or translocated across the membrane. This process is dependent on signal sequence recognition on the ribosome by the signal ...Membrane and secretory proteins can be co-translationally inserted into or translocated across the membrane. This process is dependent on signal sequence recognition on the ribosome by the signal recognition particle (SRP), which results in targeting of the ribosome-nascent-chain complex to the protein-conducting channel at the membrane. Here we present an ensemble of structures at subnanometre resolution, revealing the signal sequence both at the ribosomal tunnel exit and in the bacterial and eukaryotic ribosome-SRP complexes. Molecular details of signal sequence interaction in both prokaryotic and eukaryotic complexes were obtained by fitting high-resolution molecular models. The signal sequence is presented at the ribosomal tunnel exit in an exposed position ready for accommodation in the hydrophobic groove of the rearranged SRP54 M domain. Upon ribosome binding, the SRP54 NG domain also undergoes a conformational rearrangement, priming it for the subsequent docking reaction with the NG domain of the SRP receptor. These findings provide the structural basis for improving our understanding of the early steps of co-translational protein sorting.
リンクNature / PubMed:17086193
手法EM (単粒子)
解像度8.7 - 10.7 Å
構造データ

1261

2j28

EMDB-1261: Following the signal sequence from ribosomal tunnel exit to signal recognition particle.
PDB-2j28: MODEL OF E. COLI SRP BOUND TO 70S RNCS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.5 Å

1262

2j28

EMDB-1262: Following the signal sequence from ribosomal tunnel exit to signal recognition particle.
PDB-2j28: MODEL OF E. COLI SRP BOUND TO 70S RNCS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.7 Å

1263

2j28

EMDB-1263: Following the signal sequence from ribosomal tunnel exit to signal recognition particle.
PDB-2j28: MODEL OF E. COLI SRP BOUND TO 70S RNCS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.1 Å

1264

2j37

EMDB-1264: Following the signal sequence from ribosomal tunnel exit to signal recognition particle.
PDB-2j37: MODEL OF MAMMALIAN SRP BOUND TO 80S RNCS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.7 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • triticum sp. (植物)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • triticum sp (植物)
  • canis sp. (哺乳類)
  • homo sapiens (ヒト)
  • haloarcula marismortui (好塩性)
キーワードRIBOSOME / PROTEIN-RNA COMPLEX / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE / SRP / TRANSLATION/RNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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