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タイトルStructural basis of ABCF-mediated resistance to pleuromutilin, lincosamide, and streptogramin A antibiotics in Gram-positive pathogens.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 3577, Year 2021
掲載日2021年6月11日
著者Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Marje Kasari / Merianne Mohamad / Christine Polte / Hiraku Takada / Karolis Vaitkevicius / Jörgen Johansson / Zoya Ignatova / Gemma C Atkinson / Alex J O'Neill / Vasili Hauryliuk / Daniel N Wilson /
PubMed 要旨Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette ...Target protection proteins confer resistance to the host organism by directly binding to the antibiotic target. One class of such proteins are the antibiotic resistance (ARE) ATP-binding cassette (ABC) proteins of the F-subtype (ARE-ABCFs), which are widely distributed throughout Gram-positive bacteria and bind the ribosome to alleviate translational inhibition from antibiotics that target the large ribosomal subunit. Here, we present single-particle cryo-EM structures of ARE-ABCF-ribosome complexes from three Gram-positive pathogens: Enterococcus faecalis LsaA, Staphylococcus haemolyticus VgaA and Listeria monocytogenes VgaL. Supported by extensive mutagenesis analysis, these structures enable a general model for antibiotic resistance mediated by these ARE-ABCFs to be proposed. In this model, ABCF binding to the antibiotic-stalled ribosome mediates antibiotic release via mechanistically diverse long-range conformational relays that converge on a few conserved ribosomal RNA nucleotides located at the peptidyltransferase center. These insights are important for the future development of antibiotics that overcome such target protection resistance mechanisms.
リンクNat Commun / PubMed:34117249 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.1 Å
構造データ

12331

7nhk

EMDB-12331, PDB-7nhk:
LsaA, an antibiotic resistance ABCF, in complex with 70S ribosome from Enterococcus faecalis
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

12332

7nhl

EMDB-12332, PDB-7nhl:
VgaA-LC, an antibiotic resistance ABCF, in complex with 70S ribosome from Staphylococcus aureus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

12333

7nhm

EMDB-12333, PDB-7nhm:
70S ribosome from Staphylococcus aureus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

12334

7nhn

EMDB-12334, PDB-7nhn:
VgaL, an antibiotic resistance ABCF, in complex with 70S ribosome from Listeria monocytogenes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-PUT:
1,4-DIAMINOBUTANE / プトレシン

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

由来
  • enterococcus faecalis (乳酸球菌)
  • staphylococcus aureus subsp. aureus nctc 8325 (黄色ブドウ球菌)
  • staphylococcus haemolyticus (バクテリア)
  • listeria monocytogenes egd-e (バクテリア)
キーワードRIBOSOME / Antibiotic resistance element / ribosomal protein / LsaA / ABCF / target protection / antibiotic resistance / ATPase / protein synthesis / initiation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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