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タイトルIntegrative structure of a 10-megadalton eukaryotic pyruvate dehydrogenase complex from native cell extracts.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 34, Issue 6, Page 108727, Year 2021
掲載日2021年2月9日
著者Fotis L Kyrilis / Dmitry A Semchonok / Ioannis Skalidis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Francis J O'Reilly / Juri Rappsilber / Panagiotis L Kastritis /
PubMed 要旨The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) is a giant enzymatic assembly involved in pyruvate oxidation. PDHc components have been characterized in isolation, but the complex's quaternary structure ...The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) is a giant enzymatic assembly involved in pyruvate oxidation. PDHc components have been characterized in isolation, but the complex's quaternary structure has remained elusive due to sheer size, heterogeneity, and plasticity. Here, we identify fully assembled Chaetomium thermophilum α-keto acid dehydrogenase complexes in native cell extracts and characterize their domain arrangements utilizing mass spectrometry, activity assays, crosslinking, electron microscopy (EM), and computational modeling. We report the cryo-EM structure of the PDHc core and observe unique features of the previously unknown native state. The asymmetric reconstruction of the 10-MDa PDHc resolves spatial proximity of its components, agrees with stoichiometric data (60 E2p:12 E3BP:∼20 E1p: ≤ 12 E3), and proposes a minimum reaction path among component enzymes. The PDHc shows the presence of a dynamic pyruvate oxidation compartment, organized by core and peripheral protein species. Our data provide a framework for further understanding PDHc and α-keto acid dehydrogenase complex structure and function.
リンクCell Rep / PubMed:33567276
手法EM (単粒子)
解像度6.9 - 32.7 Å
構造データ

12181

7bgj

EMDB-12181: Cryo-EM map of Icosahedrally averaged native core of Pyruvate Dehydrogenase Complex from Ch. thermophilum
PDB-7bgj: C. thermophilum Pyruvate Dehydrogenase Complex Core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.9 Å

EMDB-12233:
C. thermophilum core structure of mixed 2-oxoglutarate dehydrogenase complex and branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 32.7 Å

EMDB-12234:
C. thermophilum Pyruvate Dehydrogenase Complex Core from native cell extracts
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.2 Å

由来
  • chaetomium thermophilum var. thermophilum dsm 1495 (菌類)
  • Chaetomium thermophilum (菌類)
キーワードTRANSFERASE / Dihydrolipoyl / transacetylase / E2 / Pyruvate

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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