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タイトルA ferredoxin bridge connects the two arms of plant mitochondrial complex I.
ジャーナル・号・ページPlant Cell, Vol. 33, Issue 6, Page 2072-2091, Year 2021
掲載日2021年7月19日
著者Niklas Klusch / Jennifer Senkler / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
PubMed 要旨Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two ...Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two arms, which form a conserved L-shape. We report the structures of the intact, 47-subunit mitochondrial complex I from Arabidopsis thaliana and the 51-subunit complex I from the green alga Polytomella sp., both at around 2.9 Å resolution. In both complexes, a heterotrimeric γ-carbonic anhydrase domain is attached to the membrane arm on the matrix side. Two states are resolved in A. thaliana complex I, with different angles between the two arms and different conformations of the ND1 (NADH dehydrogenase subunit 1) loop near the quinol binding site. The angle appears to depend on a bridge domain, which links the peripheral arm to the membrane arm and includes an unusual ferredoxin. We propose that the bridge domain participates in regulating the activity of plant complex I.
リンクPlant Cell / PubMed:33768254 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.88 - 3.72 Å
構造データ

11872

7aqq

EMDB-11872, PDB-7aqq:
Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana Complex-I (membrane core)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

11873

7aqr

EMDB-11873, PDB-7aqr:
Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana Complex-I (peripheral arm)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

11874

7aqw

EMDB-11874, PDB-7aqw:
Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana Complex-I (membrane tip)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

11875

7ar7

EMDB-11875, PDB-7ar7:
Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (open conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

11876

7ar8

EMDB-11876, PDB-7ar8:
Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana complex-I (closed conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

11877

7ar9

EMDB-11877, PDB-7ar9:
Cryo-EM structure of Polytomella Complex-I (membrane arm)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

11878

7arb

EMDB-11878, PDB-7arb:
Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana Complex-I (complete composition)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

11879

7arc

EMDB-11879, PDB-7arc:
Cryo-EM structure of Polytomella Complex-I (peripheral arm)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

11880

7ard

EMDB-11880, PDB-7ard:
Cryo-EM structure of Polytomella Complex-I (complete composition)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

化合物

ChemComp-UQ9:
Ubiquinone-9

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

ChemComp-LMN:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 可溶化剤*YM

ChemComp-FE:
Unknown entry / 鉄

ChemComp-PC7:
(7S)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

ChemComp-PSF:
1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE / 1,2-ジカプロイル-sn-ホスファチジル-L-セリン / ホスファチジルセリン

ChemComp-T7X:
Phosphatidylinositol / ホスファチジルイノシトール

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸

ChemComp-8Q1:
S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
  • Mouse-ear cress (シロイヌナズナ)
  • thale cress (シロイヌナズナ)
  • polytomella sp. pringsheim 198.80 (植物)
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Complex-I / Complex-I Arabidopsis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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