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Structure paper

タイトルCapsid opening enables genome release of iflaviruses.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 7, Issue 1, Year 2021
掲載日2021年1月1日
著者Karel Škubník / Lukáš Sukeník / David Buchta / Tibor Füzik / Michaela Procházková / Jana Moravcová / Lenka Šmerdová / Antonín Přidal / Robert Vácha / Pavel Plevka /
PubMed 要旨The family Iflaviridae includes economically important viruses of the western honeybee such as deformed wing virus, slow bee paralysis virus, and sacbrood virus. Iflaviruses have nonenveloped virions ...The family Iflaviridae includes economically important viruses of the western honeybee such as deformed wing virus, slow bee paralysis virus, and sacbrood virus. Iflaviruses have nonenveloped virions and capsids organized with icosahedral symmetry. The genome release of iflaviruses can be induced in vitro by exposure to acidic pH, implying that they enter cells by endocytosis. Genome release intermediates of iflaviruses have not been structurally characterized. Here, we show that conformational changes and expansion of iflavirus RNA genomes, which are induced by acidic pH, trigger the opening of iflavirus particles. Capsids of slow bee paralysis virus and sacbrood virus crack into pieces. In contrast, capsids of deformed wing virus are more flexible and open like flowers to release their genomes. The large openings in iflavirus particles enable the fast exit of genomes from capsids, which decreases the probability of genome degradation by the RNases present in endosomes.
リンクSci Adv / PubMed:33523856 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.8 - 27.0 Å
構造データ

EMDB-11699:
Native-like genome-containing particle of DWV in acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-11703:
Open particle of the DWV containing genome in acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-11704:
Empty capsid of DWV in acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-11705:
Genome containing particle of DWV in acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-11706:
Genome containing particle of DWV in acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-11709:
Genome containing particle of DWV in acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-11711:
Genome containing particles of DWV in acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 27.0 Å

EMDB-11714:
Open empty capsid of SBV in acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-11716:
Open empty capsid of SBPV in acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

11815

7al3

EMDB-11815, PDB-7al3:
Native-like genome-containing particle of DWV in acidic pH
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

由来
  • deformed wing virus (ウイルス)
キーワードVIRUS / DWV / acidic pH / genome-containing

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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