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タイトルDimers of DNA-PK create a stage for DNA double-strand break repair.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 1, Page 13-19, Year 2021
掲載日2020年10月19日
著者Amanda K Chaplin / Steven W Hardwick / Shikang Liang / Antonia Kefala Stavridi / Ales Hnizda / Lee R Cooper / Taiana Maia De Oliveira / Dimitri Y Chirgadze / Tom L Blundell /
PubMed 要旨DNA double-strand breaks are the most dangerous type of DNA damage and, if not repaired correctly, can lead to cancer. In humans, Ku70/80 recognizes DNA broken ends and recruits the DNA-dependent ...DNA double-strand breaks are the most dangerous type of DNA damage and, if not repaired correctly, can lead to cancer. In humans, Ku70/80 recognizes DNA broken ends and recruits the DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs) to form DNA-dependent protein kinase holoenzyme (DNA-PK) in the process of non-homologous end joining (NHEJ). We present a 2.8-Å-resolution cryo-EM structure of DNA-PKcs, allowing precise amino acid sequence registration in regions uninterpreted in previous 4.3-Å X-ray maps. We also report a cryo-EM structure of DNA-PK at 3.5-Å resolution and reveal a dimer mediated by the Ku80 C terminus. Central to dimer formation is a domain swap of the conserved C-terminal helix of Ku80. Our results suggest a new mechanism for NHEJ utilizing a DNA-PK dimer to bring broken DNA ends together. Furthermore, drug inhibition of NHEJ in combination with chemo- and radiotherapy has proved successful, making these models central to structure-based drug targeting efforts.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:33077952
手法EM (単粒子)
解像度3.24 - 7.24 Å
構造データ

11185

6zfp

EMDB-11185, PDB-6zfp:
Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

11211

6zh2

EMDB-11211, PDB-6zh2:
Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.92 Å

11213

6zh4

EMDB-11213, PDB-6zh4:
Cryo-EM structure of DNA-PKcs (State 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

11215

6zh6

EMDB-11215, PDB-6zh6:
Cryo-EM structure of DNA-PKcs:Ku80ct194
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.93 Å

11216

6zh8

EMDB-11216, PDB-6zh8:
Cryo-EM structure of DNA-PKcs:DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.14 Å

11217

6zha

EMDB-11217, PDB-6zha:
Cryo-EM structure of DNA-PK monomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.91 Å

11219

6zhe

EMDB-11219, PDB-6zhe:
Cryo-EM structure of DNA-PK dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.24 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Kinase / DNA-PKcs / NHEJ / DNA-repair / DNA-PK / Ku80 / Ku70/80

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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