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タイトルArchitecture and function of human uromodulin filaments in urinary tract infections.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 369, Issue 6506, Page 1005-1010, Year 2020
掲載日2020年8月21日
著者Gregor L Weiss / Jessica J Stanisich / Maximilian M Sauer / Chia-Wei Lin / Jonathan Eras / Dawid S Zyla / Johannes Trück / Olivier Devuyst / Markus Aebi / Martin Pilhofer / Rudi Glockshuber /
PubMed 要旨Uromodulin is the most abundant protein in human urine, and it forms filaments that antagonize the adhesion of uropathogens; however, the filament structure and mechanism of protection remain poorly ...Uromodulin is the most abundant protein in human urine, and it forms filaments that antagonize the adhesion of uropathogens; however, the filament structure and mechanism of protection remain poorly understood. We used cryo-electron tomography to show that the uromodulin filament consists of a zigzag-shaped backbone with laterally protruding arms. N-glycosylation mapping and biophysical assays revealed that uromodulin acts as a multivalent ligand for the bacterial type 1 pilus adhesin, presenting specific epitopes on the regularly spaced arms. Imaging of uromodulin-uropathogen interactions in vitro and in patient urine showed that uromodulin filaments associate with uropathogens and mediate bacterial aggregation, which likely prevents adhesion and allows clearance by micturition. These results provide a framework for understanding uromodulin in urinary tract infections and in its more enigmatic roles in physiology and disease.
リンクScience / PubMed:32616672
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度15.6 - 17.3 Å
構造データ

EMDB-11128:
Cryo-electron tomogram of human Uromodulin filaments
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11129:
Subtomogram average of human Uromodulin filaments
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.6 Å

EMDB-11130:
Cryo-electron tomogram of elastase treated human Uromodulin filaments (eUmod)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11131:
Subtomogram average of elastase treated human Uromodulin filaments (eUmod)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.3 Å

EMDB-11132:
Cryo-electron tomogram of human Uromodulin filaments incubated with FimH lectin domain
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11133:
Subtomogram average of human Uromodulin filaments incubated with FimH lectin domain
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.6 Å

EMDB-11134:
Cryo-electron tomogram of elastase treated human Uromodulin filaments incubated with FimH lectin domain
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11135:
Subtomogram average of elastase treated human Uromodulin fibers incubated with FimH lectin domain
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.9 Å

EMDB-11136:
Cryo-electron tomogram of E. coli AAEC [pSH2] incubated with human Uromodulin filaments
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11137:
Cryo-electron tomogram of non-piliated E. coli AAEC189 incubated with human Uromodulin filaments
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11138:
Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11139:
Cryo-electron tomogram of E. coli AAEC189 [pSH2] incubated with elastase treated human Uromodulin filaments
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11140:
Cryo-electron tomogram of urine from patient with E. coli urinary tract infection
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11141:
Cryo-electron tomogram of urine from patient with K. pneumoniae urinary tract infection
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11142:
Cryo-electron tomogram of urine from patient with P. aeruginosa urinary tract infection
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11143:
Cryo-electron tomogram of urine from patient with S. mitis urinary tract infection
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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