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- EMDB-11138: Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11138
タイトルCryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates
マップデータCryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates
試料
  • 複合体: Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Weiss GL / Stanisich JJ / Sauer MM / Lin C-W / Eras J / Zyla DS / Trueck J / Devuyst O / Aebi M / Pilhofer M / Glockshuber R
資金援助 スイス, 7件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_179255 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_176403/1 スイス
European Research Council (ERC)679209 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_169850 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_156304 スイス
Swiss National Science FoundationPZ00P3_183777 スイス
Swiss National Science FoundationPZ00P3_161147 スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Architecture and function of human uromodulin filaments in urinary tract infections.
著者: Gregor L Weiss / Jessica J Stanisich / Maximilian M Sauer / Chia-Wei Lin / Jonathan Eras / Dawid S Zyla / Johannes Trück / Olivier Devuyst / Markus Aebi / Martin Pilhofer / Rudi Glockshuber /
要旨: Uromodulin is the most abundant protein in human urine, and it forms filaments that antagonize the adhesion of uropathogens; however, the filament structure and mechanism of protection remain poorly ...Uromodulin is the most abundant protein in human urine, and it forms filaments that antagonize the adhesion of uropathogens; however, the filament structure and mechanism of protection remain poorly understood. We used cryo-electron tomography to show that the uromodulin filament consists of a zigzag-shaped backbone with laterally protruding arms. N-glycosylation mapping and biophysical assays revealed that uromodulin acts as a multivalent ligand for the bacterial type 1 pilus adhesin, presenting specific epitopes on the regularly spaced arms. Imaging of uromodulin-uropathogen interactions in vitro and in patient urine showed that uromodulin filaments associate with uropathogens and mediate bacterial aggregation, which likely prevents adhesion and allows clearance by micturition. These results provide a framework for understanding uromodulin in urinary tract infections and in its more enigmatic roles in physiology and disease.
履歴
登録2020年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月15日-
マップ公開2020年7月15日-
更新2020年9月2日-
現状2020年9月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

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添付画像

emd_11138.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11138.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 280.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates
ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.2 Å
密度
最小 - 最大-128 - 127
平均 (標準偏差)-2.0872042 (±22.260828)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1616165
サイズ928960330
Spacing960928330
セルA: 16512.0 Å / B: 15961.601 Å / C: 5676.0005 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z17.217.20000107758617.2
M x/y/z960928330
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z16512.00015961.6015676.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS16-16165
NC/NR/NS960928330
D min/max/mean-128.000127.000-2.087

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates

全体名称: Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates
要素
  • 複合体: Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates

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超分子 #1: Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates

超分子名称: Cryo-electron tomogram of FIB milled E.coli - Uromodulin aggregates
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8.2
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 17 nA / 集束イオンビーム - 時間: 1800 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 123 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 3000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 250 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Helios. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.
位置合わせマーカーManufacturer: Cytodiagnostics / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 140.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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