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タイトルLocalized reconstruction in Scipion expedites the analysis of symmetry mismatches in cryo-EM data.
ジャーナル・号・ページProg Biophys Mol Biol, Vol. 160, Page 43-52, Year 2021
掲載日2020年5月26日
著者Vahid Abrishami / Serban L Ilca / Josue Gomez-Blanco / Ilona Rissanen / José Miguel de la Rosa-Trevín / Vijay S Reddy / José-Maria Carazo / Juha T Huiskonen /
PubMed 要旨Technological advances in transmission electron microscopes and detectors have turned cryogenic electron microscopy (cryo-EM) into an essential tool for structural biology. A commonly used cryo-EM ...Technological advances in transmission electron microscopes and detectors have turned cryogenic electron microscopy (cryo-EM) into an essential tool for structural biology. A commonly used cryo-EM data analysis method, single particle analysis, averages hundreds of thousands of low-dose images of individual macromolecular complexes to determine a density map of the complex. The presence of symmetry in the complex is beneficial since each projection image can be assigned to multiple views of the complex. However, data processing that applies symmetry can average out asymmetric features and consequently data analysis methods are required to resolve asymmetric structural features. Scipion is a cryo-EM image processing framework that integrates functions from different image processing packages as plugins. To extend its functionality for handling symmetry mismatches, we present here a Scipion plugin termed LocalRec implementing the localized reconstruction method. When tested on an adenovirus data set, the plugin enables resolving the symmetry-mismatched trimeric fibre bound to the five-fold vertices of the capsid. Furthermore, it improves the structure determination of the icosahedral capsid by dealing with the defocus gradient across the particle. LocalRec is expected to be widely applicable in a range of cryo-EM investigations of flexible and symmetry mismatched complexes.
リンクProg Biophys Mol Biol / PubMed:32470354
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 7.34 Å
構造データ

EMDB-11008:
Icosahedral reconstruction of human adenovirus D26 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-11009:
Localized reconstruction of the trimeric fibre and its interactions with the penton base of human adenovirus HAdV-D26
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.34 Å

EMDB-11010:
Localized reconstruction of human adenovirus D26 hexon type 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-11011:
Localized reconstruction of human adenovirus D26 hexon type 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-11012:
Localized reconstruction of human adenovirus D26 hexon type 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-11013:
Localized reconstruction of human adenovirus D26 hexon type 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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