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タイトルPotent Tetrahydroquinolone Eliminates Apicomplexan Parasites.
ジャーナル・号・ページFront Cell Infect Microbiol, Vol. 10, Page 203, Year 2020
掲載日2020年6月9日
著者Martin J McPhillie / Ying Zhou / Mark R Hickman / James A Gordon / Christopher R Weber / Qigui Li / Patty J Lee / Kangsa Amporndanai / Rachel M Johnson / Heather Darby / Stuart Woods / Zhu-Hong Li / Richard S Priestley / Kurt D Ristroph / Scott B Biering / Kamal El Bissati / Seungmin Hwang / Farida Esaa Hakim / Sarah M Dovgin / Joseph D Lykins / Lucy Roberts / Kerrie Hargrave / Hua Cong / Anthony P Sinai / Stephen P Muench / Jitender P Dubey / Robert K Prud'homme / Hernan A Lorenzi / Giancarlo A Biagini / Silvia N Moreno / Craig W Roberts / Svetlana V Antonyuk / Colin W G Fishwick / Rima McLeod /
PubMed 要旨Apicomplexan infections cause substantial morbidity and mortality, worldwide. New, improved therapies are needed. Herein, we create a next generation anti-apicomplexan lead compound, JAG21, a ...Apicomplexan infections cause substantial morbidity and mortality, worldwide. New, improved therapies are needed. Herein, we create a next generation anti-apicomplexan lead compound, JAG21, a tetrahydroquinolone, with increased sp3-character to improve parasite selectivity. Relative to other cytochrome inhibitors, JAG21 has improved solubility and ADMET properties, without need for pro-drug. JAG21 significantly reduces tachyzoites and encysted bradyzoites , and in primary and established chronic murine infections. Moreover, JAG21 treatment leads to 100% survival. Further, JAG21 is efficacious against drug-resistant . Causal prophylaxis and radical cure are achieved after sporozoite infection with oral administration of a single dose (2.5 mg/kg) or 3 days treatment at reduced dose (0.625 mg/kg/day), eliminating parasitemia, and leading to 100% survival. Enzymatic, binding, and co-crystallography/pharmacophore studies demonstrate selectivity for apicomplexan relative to mammalian enzymes. JAG21 has significant promise as a pre-clinical candidate for prevention, treatment, and cure of toxoplasmosis and malaria.
リンクFront Cell Infect Microbiol / PubMed:32626661 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度3.5 - 3.8 Å
構造データ

EMDB-11002:
CryoEM structure of bovine cytochrome bc1 in complex with a tetrahydroquinolone inhibitor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

PDB-6xvf:
Crystal structure of bovine cytochrome bc1 in complex with tetrahydro-quinolone inhibitor JAG021
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-6PE:
1,2-DIHEXANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / [O-(1-O,2-O-ジヘキサノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-2-アミノエタノ-ル]アニオン

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

ChemComp-JAG:
2-methyl-3-[4-[4-(trifluoromethyloxy)phenoxy]phenyl]-5,6,7,8-tetrahydro-3~{H}-quinolin-4-one

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-PX4:
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン / DMPC, リン脂質*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • bos taurus (ウシ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cytochrome bc1 / Malaria / Electron transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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