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タイトルIsolated Heme A Synthase from Aquifex aeolicus Is a Trimer.
ジャーナル・号・ページmBio, Vol. 11, Issue 3, Year 2020
掲載日2020年6月30日
著者Hui Zeng / Guoliang Zhu / Shuangbo Zhang / Xinmei Li / Janosch Martin / Nina Morgner / Fei Sun / Guohong Peng / Hao Xie / Hartmut Michel /
PubMed 要旨The integral membrane protein heme A synthase (HAS) catalyzes the biosynthesis of heme A, which is a prerequisite for cellular respiration in a wide range of aerobic organisms. Previous studies have ...The integral membrane protein heme A synthase (HAS) catalyzes the biosynthesis of heme A, which is a prerequisite for cellular respiration in a wide range of aerobic organisms. Previous studies have revealed that HAS can form homo-oligomeric complexes, and this oligomerization appears to be evolutionarily conserved among prokaryotes and eukaryotes and is shown to be essential for the biological function of eukaryotic HAS. Despite its importance, little is known about the detailed structural properties of HAS oligomers. Here, we aimed to address this critical issue by analyzing the oligomeric state of HAS from (AaHAS) using a combination of techniques, including size exclusion chromatography coupled with multiangle light scattering (SEC-MALS), cross-linking, laser-induced liquid bead ion desorption mass spectrometry (LILBID-MS), and single-particle electron cryomicroscopy (cryo-EM). Our results show that HAS forms a thermostable trimeric complex. A cryo-EM density map provides information on the oligomerization interface of the AaHAS trimer. These results provide structural insights into HAS multimerization and expand our knowledge of this important enzyme. Heme A is a vital redox cofactor unique for the terminal cytochrome oxidase in mitochondria and many microorganisms. It plays a key role in oxygen reduction by serving as an electron carrier and as the oxygen-binding site. Heme A is synthesized from heme O by an integral membrane protein, heme A synthase (HAS). Defects in HAS impair cellular respiration and have been linked to various human diseases, e.g., fatal infantile hypertrophic cardiomyopathy and Leigh syndrome. HAS exists as a stable oligomeric complex, and studies have shown that oligomerization of eukaryotic HAS is necessary for its proper function. However, the molecular architecture of the HAS oligomeric complex has remained uncharacterized. The present study shows that HAS forms trimers and reveals how the oligomeric arrangement contributes to the complex stability and flexibility, enabling HAS to perform its catalytic function effectively. This work provides the basic understanding for future studies on heme A biosynthesis.
リンクmBio / PubMed:32605991 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.2 Å
構造データ

EMDB-10987:
Isolated heme A synthase from Aquifex aeolicus is a trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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