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Structure paper

タイトルThree-dimensional structure of a bacterial oxalate transporter.
ジャーナル・号・ページNat Struct Biol, Vol. 9, Issue 8, Page 597-600, Year 2002
掲載日2002年8月23日
著者Teruhisa Hirai / Jürgen A W Heymann / Dan Shi / Rafiquel Sarker / Peter C Maloney / Sriram Subramaniam /
PubMed 要旨The major facilitator superfamily (MFS) represents one of the largest classes of evolutionarily related membrane transporter proteins. Here we present the three-dimensional structure at 6.5 A ...The major facilitator superfamily (MFS) represents one of the largest classes of evolutionarily related membrane transporter proteins. Here we present the three-dimensional structure at 6.5 A resolution of a bacterial member of this superfamily, OxlT. The structure, derived from an electron crystallographic analysis of two-dimensional crystals, reveals that the 12 helices in the OxlT molecule are arranged around a central cavity, which is widest at the center of the membrane. The helices divide naturally into three groups: a peripheral set comprising helices 3, 6, 9 and 12; a second set comprising helices 2, 5, 8 and 11 that faces the central substrate transport pathway across most of the length of the membrane; and a third set comprising helices 1, 4, 7 and 10 that participate in the pathway either on the cytoplasmic side (4 and 10) or on the periplasmic side (1 and 7). Overall, the architecture of the protein is remarkably symmetric, providing a compelling molecular explanation for the ability of such transporters to carry out bi-directional substrate transport.
リンクNat Struct Biol / PubMed:12118242
手法EM (電子線結晶学)
解像度6.5 Å
構造データ

EMDB-1098:
Three-dimensional structure of a bacterial oxalate transporter.
手法: EM (電子線結晶学) / 解像度: 6.5 Å

由来
  • Oxalobacter formigenes (バクテリア)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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