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タイトルMechanism of Crosstalk between the LSD1 Demethylase and HDAC1 Deacetylase in the CoREST Complex.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 30, Issue 8, Page 2699-22711.e8, Year 2020
掲載日2020年2月25日
著者Yun Song / Lisbeth Dagil / Louise Fairall / Naomi Robertson / Mingxuan Wu / T J Ragan / Christos G Savva / Almutasem Saleh / Nobuhiro Morone / Micha B A Kunze / Andrew G Jamieson / Philip A Cole / D Flemming Hansen / John W R Schwabe /
PubMed 要旨The transcriptional corepressor complex CoREST is one of seven histone deacetylase complexes that regulate the genome through controlling chromatin acetylation. The CoREST complex is unique in ...The transcriptional corepressor complex CoREST is one of seven histone deacetylase complexes that regulate the genome through controlling chromatin acetylation. The CoREST complex is unique in containing both histone demethylase and deacetylase enzymes, LSD1 and HDAC1, held together by the RCOR1 scaffold protein. To date, it has been assumed that the enzymes function independently within the complex. Now, we report the assembly of the ternary complex. Using both structural and functional studies, we show that the activity of the two enzymes is closely coupled and that the complex can exist in at least two distinct states with different kinetics. Electron microscopy of the complex reveals a bi-lobed structure with LSD1 and HDAC1 enzymes at opposite ends of the complex. The structure of CoREST in complex with a nucleosome reveals a mode of chromatin engagement that contrasts with previous models.
リンクCell Rep / PubMed:32101746 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度17.5 - 26.1 Å
構造データ

EMDB-10626:
Negative stain map of CoREST complex (LSD1:RCOR1:HDAC1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.5 Å

EMDB-10627:
Cryo-EM map of glutaraldehye cross-linked CoREST complex (LSD1:RCOR1:HDAC1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.5 Å

EMDB-10628:
Cryo EM map of BS3 crosslinked CoREST complex (LSD1:RCOR1:HDAC1)- closed form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-10629:
Cryo EM map of BS3 crosslinked CoREST complex (LSD1:RCOR1:HDAC1) - open form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.5 Å

EMDB-10630:
Interaction of the CoREST complex with a nucleosome with 185 bp 601 sequence DNA and a propargylamine mimic of dimethy Lys4 histone H3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.1 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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