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タイトルStructure of complete Pol II-DSIF-PAF-SPT6 transcription complex reveals RTF1 allosteric activation.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 27, Issue 7, Page 668-677, Year 2020
掲載日2020年6月15日
著者Seychelle M Vos / Lucas Farnung / Andreas Linden / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
PubMed 要旨Transcription by RNA polymerase II (Pol II) is carried out by an elongation complex. We previously reported an activated porcine Pol II elongation complex, EC*, encompassing the human elongation ...Transcription by RNA polymerase II (Pol II) is carried out by an elongation complex. We previously reported an activated porcine Pol II elongation complex, EC*, encompassing the human elongation factors DSIF, PAF1 complex (PAF) and SPT6. Here we report the cryo-EM structure of the complete EC* that contains RTF1, a dissociable PAF subunit critical for chromatin transcription. The RTF1 Plus3 domain associates with Pol II subunit RPB12 and the phosphorylated C-terminal region of DSIF subunit SPT5. RTF1 also forms four α-helices that extend from the Plus3 domain along the Pol II protrusion and RPB10 to the polymerase funnel. The C-terminal 'fastener' helix retains PAF and is followed by a 'latch' that reaches the end of the bridge helix, a flexible element of the Pol II active site. RTF1 strongly stimulates Pol II elongation, and this requires the latch, possibly suggesting that RTF1 activates transcription allosterically by influencing Pol II translocation.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:32541898
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 4.39 Å
構造データ

10480

6ted

EMDB-10480: Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 (Map 1)
PDB-6ted: Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-10481:
Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 (Map 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-10482:
Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 (Map 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.85 Å

EMDB-10483:
Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 (Map 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

EMDB-10484:
Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 (Map 5)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

EMDB-10485:
Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 (Map 6)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

EMDB-10486:
Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 (Map 7)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

EMDB-10487:
Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 (Map 8)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.39 Å

EMDB-10488:
Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 (Map 9)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.73 Å

EMDB-10489:
Structure of complete, activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6 uncovers allosteric elongation activation by RTF1 (Map 10)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION / Polymerase / elongation complex / RNA / DNA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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