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タイトルTricalbins Contribute to Cellular Lipid Flux and Form Curved ER-PM Contacts that Are Bridged by Rod-Shaped Structures.
ジャーナル・号・ページDev Cell, Vol. 51, Issue 4, Page 488-502.e8, Year 2019
掲載日2019年11月18日
著者Patrick C Hoffmann / Tanmay A M Bharat / Michael R Wozny / Jerome Boulanger / Elizabeth A Miller / Wanda Kukulski /
PubMed 要旨Lipid flow between cellular organelles occurs via membrane contact sites. Extended-synaptotagmins, known as tricalbins in yeast, mediate lipid transfer between the endoplasmic reticulum (ER) and ...Lipid flow between cellular organelles occurs via membrane contact sites. Extended-synaptotagmins, known as tricalbins in yeast, mediate lipid transfer between the endoplasmic reticulum (ER) and plasma membrane (PM). How these proteins regulate membrane architecture to transport lipids across the aqueous space between bilayers remains unknown. Using correlative microscopy, electron cryo-tomography, and high-throughput genetics, we address the interplay of architecture and function in budding yeast. We find that ER-PM contacts differ in protein composition and membrane morphology, not in intermembrane distance. In situ electron cryo-tomography reveals the molecular organization of tricalbin-mediated contacts, suggesting a structural framework for putative lipid transfer. Genetic analysis uncovers functional overlap with cellular lipid routes, such as maintenance of PM asymmetry. Further redundancies are suggested for individual tricalbin protein domains. We propose a modularity of molecular and structural functions of tricalbins and of their roles within the cellular network of lipid distribution pathways.
リンクDev Cell / PubMed:31743663 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
構造データ

EMDB-10287:
CLEM of resin-embedded GFP-Scs2 yeast cell shown in Figure 2A of publication
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10299:
CLEM of resin-embedded GFP-Ist2 yeast cell shown in Figure 2B of publication
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10300:
CLEM of resin-embedded Tcb3-GFP yeast cell shown in Figure 2C of publication
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10301:
CLEM of resin-embedded scs2/22 tcb1/2/3 deletion mutant yeast cell expressing GFP-Ist2 shown in Figure 2F of publication
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10302:
CLEM of resin-embedded scs2/22 ist2 deletion mutant yeast cell expressing Tcb3-GFP; shown in Figure 2G of publication
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10303:
CLEM of resin-embedded scs2/22 ist2 tcb1/2/3 deletion mutant yeast cell expressing Sec63-RFP from plasmid, shown in Figure 2H of publication
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10304:
CLEM of resin-embedded rtn1 yop1 deletion mutant yeast cell expressing Tcb3-GFP, shown in Figure 3C of publication
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10306:
CLEM of resin-embedded rtn1 yop1 deletion mutant yeast cell expressing Tcb3-GFP, shown in Figure 3E of publication
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10308:
cryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell in which scs2/22 ist2 are deleted; shown in Figures 5A and S3B of publication
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10309:
cryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell, in which scs2/22 ist2 are deleted, with high intracellular calcium; shown in Figures 5C and S3F
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-10310:
cryo-ET of cryo-FIB milled yeast cell, in which Tcb3-GFP is overexpressed and scs2/22 ist2 tcb1/2 are deleted; shown in Figure 6 of publication
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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