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タイトルInteractions of a Bacterial RND Transporter with a Transmembrane Small Protein in a Lipid Environment.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 28, Issue 6, Page 625-634.e6, Year 2020
掲載日2020年6月2日
著者Dijun Du / Arthur Neuberger / Mona Wu Orr / Catherine E Newman / Pin-Chia Hsu / Firdaus Samsudin / Andrzej Szewczak-Harris / Leana M Ramos / Mekdes Debela / Syma Khalid / Gisela Storz / Ben F Luisi /
PubMed 要旨The small protein AcrZ in Escherichia coli interacts with the transmembrane portion of the multidrug efflux pump AcrB and increases resistance of the bacterium to a subset of the antibiotic ...The small protein AcrZ in Escherichia coli interacts with the transmembrane portion of the multidrug efflux pump AcrB and increases resistance of the bacterium to a subset of the antibiotic substrates of that transporter. It is not clear how the physical association of the two proteins selectively changes activity of the pump for defined substrates. Here, we report cryo-EM structures of AcrB and the AcrBZ complex in lipid environments, and comparisons suggest that conformational changes occur in the drug-binding pocket as a result of AcrZ binding. Simulations indicate that cardiolipin preferentially interacts with the AcrBZ complex, due to increased contact surface, and we observe that chloramphenicol sensitivity of bacteria lacking AcrZ is exacerbated when combined with cardiolipin deficiency. Taken together, the data suggest that AcrZ and lipid cooperate to allosterically modulate AcrB activity. This mode of regulation by a small protein and lipid may occur for other membrane proteins.
リンクStructure / PubMed:32348749 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.17 - 3.46 Å
構造データ

10182

6sgr

EMDB-10182, PDB-6sgr:
Cryo-EM structure of Escherichia coli AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc with cardiolipin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

10183

6sgs

EMDB-10183, PDB-6sgs:
Cryo-EM structure of Escherichia coli AcrBZ and DARPin in Saposin A-nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

10184

6sgt

EMDB-10184, PDB-6sgt:
Cryo-EM structure of Escherichia coli AcrB and DARPin in Saposin A-nanodisc with cardiolipin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

10185

6sgu

EMDB-10185, PDB-6sgu:
Cryo-EM structure of Escherichia coli AcrB and DARPin in Saposin A-nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
  • shigella boydii 965-58 (ボイド赤痢菌)
  • escherichia coli k12 (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RND transporter / efflux pump / drug transport / antibiotic resistance / lipid nanodisc

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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