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タイトルStructures of the Cmr-β Complex Reveal the Regulation of the Immunity Mechanism of Type III-B CRISPR-Cas.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 79, Issue 5, Page 741-757.e7, Year 2020
掲載日2020年9月3日
著者Nicholas Sofos / Mingxia Feng / Stefano Stella / Tillmann Pape / Anders Fuglsang / Jinzhong Lin / Qihong Huang / Yingjun Li / Qunxin She / Guillermo Montoya /
PubMed 要旨Cmr-β is a type III-B CRISPR-Cas complex that, upon target RNA recognition, unleashes a multifaceted immune response against invading genetic elements, including single-stranded DNA (ssDNA) ...Cmr-β is a type III-B CRISPR-Cas complex that, upon target RNA recognition, unleashes a multifaceted immune response against invading genetic elements, including single-stranded DNA (ssDNA) cleavage, cyclic oligoadenylate synthesis, and also a unique UA-specific single-stranded RNA (ssRNA) hydrolysis by the Cmr2 subunit. Here, we present the structure-function relationship of Cmr-β, unveiling how binding of the target RNA regulates the Cmr2 activities. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) analysis revealed the unique subunit architecture of Cmr-β and captured the complex in different conformational stages of the immune response, including the non-cognate and cognate target-RNA-bound complexes. The binding of the target RNA induces a conformational change of Cmr2, which together with the complementation between the 5' tag in the CRISPR RNAs (crRNA) and the 3' antitag of the target RNA activate different configurations in a unique loop of the Cmr3 subunit, which acts as an allosteric sensor signaling the self- versus non-self-recognition. These findings highlight the diverse defense strategies of type III complexes.
リンクMol Cell / PubMed:32730741
手法EM (単粒子)
解像度2.41 - 3.52 Å
構造データ

10102

6s6b

EMDB-10102, PDB-6s6b:
Type III-B Cmr-beta Cryo-EM structure of the Apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

10117

6s8b

EMDB-10117, PDB-6s8b:
Cryo-EM structure of the Type III-B Cmr-beta bound to cognate target RNA and AMPPnP, state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.41 Å

10119

6s8e

EMDB-10119, PDB-6s8e:
Cryo-EM structure of the type III-B Cmr-beta complex bound to non-cognate target RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

10126

6s91

EMDB-10126, PDB-6s91:
Cryo-EM structure of the Type III-B Cmr-beta bound to cognate target RNA and AMPPnP, state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

10196

6sh8

EMDB-10196, PDB-6sh8:
Cryo-EM structure of the Type III-B Cmr-beta bound to cognate target RNA and AMPPnP, state 2, in the presence of ssDNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

10197

6shb

EMDB-10197, PDB-6shb:
Cryo-EM structure of the Type III-B Cmr-beta bound to cognate target RNA and AMPPnP, state 1, in the presence of ssDNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

10209

6sic

EMDB-10209, PDB-6sic:
Cryo-EM structure of the Type III-B Cmr-beta bound to cognate target RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.52 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MN:
Unknown entry

由来
  • sulfolobus islandicus rey15a (好気性・好酸性)
  • sulfolobus islandicus (strain rey15a) (好気性・好酸性)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / CRISPR-Cas / Effector complex / nuclease / cyclic oligo-adenylate synthase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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