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タイトルAntenna arrangement and energy-transfer pathways of PSI-LHCI from the moss Physcomitrella patens.
ジャーナル・号・ページCell Discov, Vol. 7, Issue 1, Page 10, Year 2021
掲載日2021年2月16日
著者Qiujing Yan / Liang Zhao / Wenda Wang / Xiong Pi / Guangye Han / Jie Wang / Lingpeng Cheng / Yi-Kun He / Tingyun Kuang / Xiaochun Qin / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /
PubMed 要旨Plants harvest light energy utilized for photosynthesis by light-harvesting complex I and II (LHCI and LHCII) surrounding photosystem I and II (PSI and PSII), respectively. During the evolution of ...Plants harvest light energy utilized for photosynthesis by light-harvesting complex I and II (LHCI and LHCII) surrounding photosystem I and II (PSI and PSII), respectively. During the evolution of green plants, moss is at an evolutionarily intermediate position from aquatic photosynthetic organisms to land plants, being the first photosynthetic organisms that landed. Here, we report the structure of the PSI-LHCI supercomplex from the moss Physcomitrella patens (Pp) at 3.23 Å resolution solved by cryo-electron microscopy. Our structure revealed that four Lhca subunits are associated with the PSI core in an order of Lhca1-Lhca5-Lhca2-Lhca3. This number is much decreased from 8 to 10, the number of subunits in most green algal PSI-LHCI, but the same as those of land plants. Although Pp PSI-LHCI has a similar structure as PSI-LHCI of land plants, it has Lhca5, instead of Lhca4, in the second position of Lhca, and several differences were found in the arrangement of chlorophylls among green algal, moss, and land plant PSI-LHCI. One chlorophyll, PsaF-Chl 305, which is found in the moss PSI-LHCI, is located at the gap region between the two middle Lhca subunits and the PSI core, and therefore may make the excitation energy transfer from LHCI to the core more efficient than that of land plants. On the other hand, energy-transfer paths at the two side Lhca subunits are relatively conserved. These results provide a structural basis for unravelling the mechanisms of light-energy harvesting and transfer in the moss PSI-LHCI, as well as important clues on the changes of PSI-LHCI after landing.
リンクCell Discov / PubMed:33589616 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.23 - 4.1 Å
構造データ

0821

6l35

EMDB-0821, PDB-6l35:
PSI-LHCI Supercomplex from Physcometrella patens
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-30198:
PSI-LHCI Supercomplex from Physcometrella patens
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

由来
  • Physcomitrella patens (植物)
  • Moss (植物)
  • physcomitrium patens (植物)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cryo-EM / PSI-LHCI / Physcomitrella patens

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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