[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルMorphological Plasticity in a Sulfur-Oxidizing Marine Bacterium from the SUP05 Clade Enhances Dark Carbon Fixation.
ジャーナル・号・ページmBio, Vol. 10, Issue 3, Year 2019
掲載日2019年5月7日
著者Vega Shah / Xiaowei Zhao / Rachel A Lundeen / Anitra E Ingalls / Daniela Nicastro / Robert M Morris /
PubMed 要旨Sulfur-oxidizing bacteria from the SUP05 clade are abundant in anoxic and oxygenated marine waters that appear to lack reduced sources of sulfur for cell growth. This raises questions about how these ...Sulfur-oxidizing bacteria from the SUP05 clade are abundant in anoxic and oxygenated marine waters that appear to lack reduced sources of sulfur for cell growth. This raises questions about how these chemosynthetic bacteria survive across oxygen and sulfur gradients and how their mode of survival impacts the environment. Here, we use growth experiments, proteomics, and cryo-electron tomography to show that a SUP05 isolate, " Thioglobus autotrophicus," is amorphous in shape and several times larger and stores considerably more intracellular sulfur when it respires oxygen. We also show that these cells can use diverse sources of reduced organic and inorganic sulfur at submicromolar concentrations. Enhanced cell size, carbon content, and metabolic activity of the aerobic phenotype are likely facilitated by a stabilizing surface-layer (S-layer) and an uncharacterized form of FtsZ-less cell division that supports morphological plasticity. The additional sulfur storage provides an energy source that allows cells to continue metabolic activity when exogenous sulfur sources are not available. This metabolic flexibility leads to the production of more organic carbon in the ocean than is estimated based solely on their anaerobic phenotype. Identifying shifts in microbial metabolism across redox gradients will improve efforts to model marine oxygen minimum zone (OMZ) ecosystems. Here, we show that aerobic morphology and metabolism increase cell size, sulfur storage capacity, and carbon fixation rates in " Thioglobus autotrophicus," a chemosynthetic bacterium from the SUP05 clade that crosses oxic-anoxic boundaries.
リンクmBio / PubMed:31064824 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度35.0 Å
構造データ

EMDB-0507:
cryo-electron tomography of marine bacteria T. autotrophicus, EF1 strain, cultured under anaerobic, repleted with sulfur source.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-0508:
Cryo-electron tomography of marine bacteria T. autotrophicus EF1 strain, which is cultured under anaerobic, depleted sulfur source conditions
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-0509:
Cryo-electron tomography of marine bacterium T. autotrophicus EF1 strain, cultured under aerobic, depleted sulfur source condition
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-0511:
Cryo-electron tomography of marine bacterium T. autotrophicus, EF1 strain, cultured under aerobic condition, repleted with sulfur source.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-0512:
Cryo-electron tomography of marine bacterium T. autotrophicus EF1 strain reveals an S_layer pattern on outer membrane.
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-0513:
Subtomogram average of S_layer structure on the outer membrane surface of Thioglobus autotrophicus EF1 cell
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 35.0 Å

由来
  • Candidatus Thioglobus (バクテリア)
  • Thioglobus (バクテリア)
  • Candidatus Thioglobus autotrophicus (バクテリア)

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る