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Structure paper

タイトルpH-dependent gating mechanism of the urea channel revealed by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 5, Issue 3, Page eaav8423, Year 2019
掲載日2019年3月20日
著者Yanxiang Cui / Kang Zhou / David Strugatsky / Yi Wen / George Sachs / Z Hong Zhou / Keith Munson /
PubMed 要旨The urea channel of (UreI) is an ideal drug target for preventing gastric cancer but incomplete understanding of its gating mechanism has hampered development of inhibitors for the eradication of . ...The urea channel of (UreI) is an ideal drug target for preventing gastric cancer but incomplete understanding of its gating mechanism has hampered development of inhibitors for the eradication of . Here, we present the cryo-EM structures of UreI in closed and open conformations, both at a resolution of 2.7 Å. Our hexameric structures of this small membrane protein (~21 kDa/protomer) resolve its periplasmic loops and carboxyl terminus that close and open the channel, and define a gating mechanism that is pH dependent and requires cooperativity between protomers in the hexamer. Gating is further associated with well-resolved changes in the channel-lining residues that modify the shape and length of the urea pore. Site-specific mutations in the periplasmic domain and urea pore identified key residues important for channel function. Drugs blocking the urea pore based on our structures should lead to a new strategy for eradication.
リンクSci Adv / PubMed:30906870 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 Å
構造データ

0498

6nsj

EMDB-0498, PDB-6nsj:
CryoEM structure of Helicobacter pylori urea channel in closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

0499

6nsk

EMDB-0499, PDB-6nsk:
CryoEM structure of Helicobacter pylori urea channel in open state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-XP4:
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / DMPA, リン脂質*YM

由来
  • Helicobacter pylori (ピロリ菌)
  • helicobacter pylori (strain j99 / atcc 700824) (ピロリ菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Helicobacter pylori / urea channel / closed state / open state

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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