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Structure paper

タイトルStructure and dynamics of the active human parathyroid hormone receptor-1.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 364, Issue 6436, Page 148-153, Year 2019
掲載日2019年4月12日
著者Li-Hua Zhao / Shanshan Ma / Ieva Sutkeviciute / Dan-Dan Shen / X Edward Zhou / Parker W de Waal / Chen-Yao Li / Yanyong Kang / Lisa J Clark / Frederic G Jean-Alphonse / Alex D White / Dehua Yang / Antao Dai / Xiaoqing Cai / Jian Chen / Cong Li / Yi Jiang / Tomoyuki Watanabe / Thomas J Gardella / Karsten Melcher / Ming-Wei Wang / Jean-Pierre Vilardaga / H Eric Xu / Yan Zhang /
PubMed 要旨The parathyroid hormone receptor-1 (PTH1R) is a class B G protein-coupled receptor central to calcium homeostasis and a therapeutic target for osteoporosis and hypoparathyroidism. Here we report the ...The parathyroid hormone receptor-1 (PTH1R) is a class B G protein-coupled receptor central to calcium homeostasis and a therapeutic target for osteoporosis and hypoparathyroidism. Here we report the cryo-electron microscopy structure of human PTH1R bound to a long-acting PTH analog and the stimulatory G protein. The bound peptide adopts an extended helix with its amino terminus inserted deeply into the receptor transmembrane domain (TMD), which leads to partial unwinding of the carboxyl terminus of transmembrane helix 6 and induces a sharp kink at the middle of this helix to allow the receptor to couple with G protein. In contrast to a single TMD structure state, the extracellular domain adopts multiple conformations. These results provide insights into the structural basis and dynamics of PTH binding and receptor activation.
リンクScience / PubMed:30975883 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 4.0 Å
構造データ

0410

6nbf

EMDB-0410, PDB-6nbf:
Cryo-EM structure of parathyroid hormone receptor type 1 in complex with a long-acting parathyroid hormone analog and G protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

0411

6nbh

EMDB-0411, PDB-6nbh:
Cryo-EM structure of parathyroid hormone receptor type 1 in complex with a long-acting parathyroid hormone analog and G protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

0412

6nbi

EMDB-0412, PDB-6nbi:
Cryo-EM structure of parathyroid hormone receptor type 1 in complex with a long-acting parathyroid hormone analog and G protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • bos taurus (ウシ)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Parathyroid hormone receptor / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / Class B GPCR / GPCR-G protein complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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