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タイトルDual Role of a Viral Polymerase in Viral Genome Replication and Particle Self-Assembly.
ジャーナル・号・ページmBio, Vol. 9, Issue 5, Year 2018
掲載日2018年10月2日
著者Xiaoyu Sun / Serban L Ilca / Juha T Huiskonen / Minna M Poranen /
PubMed 要旨Double-stranded RNA (dsRNA) viruses package several RNA-dependent RNA polymerases (RdRp) together with their dsRNA genome into an icosahedral protein capsid known as the polymerase complex. This ...Double-stranded RNA (dsRNA) viruses package several RNA-dependent RNA polymerases (RdRp) together with their dsRNA genome into an icosahedral protein capsid known as the polymerase complex. This structure is highly conserved among dsRNA viruses but is not found in any other virus group. RdRp subunits typically interact directly with the main capsid proteins, close to the 5-fold symmetric axes, and perform viral genome replication and transcription within the icosahedral protein shell. In this study, we utilized phage Φ6, a well-established virus self-assembly model, to probe the potential roles of the RdRp in dsRNA virus assembly. We demonstrated that Φ6 RdRp accelerates the polymerase complex self-assembly process and contributes to its conformational stability and integrity. We highlight the role of specific amino acid residues on the surface of the RdRp in its incorporation during the self-assembly reaction. Substitutions of these residues reduce RdRp incorporation into the polymerase complex during the self-assembly reaction. Furthermore, we determined that the overall transcription efficiency of the Φ6 polymerase complex increased when the number of RdRp subunits exceeded the number of genome segments. These results suggest a mechanism for RdRp recruitment in the polymerase complex and highlight its novel role in virion assembly, in addition to the canonical RNA transcription and replication functions. Double-stranded RNA viruses infect a wide spectrum of hosts, including animals, plants, fungi, and bacteria. Yet genome replication mechanisms of these viruses are conserved. During the infection cycle, a proteinaceous capsid, the polymerase complex, is formed. An essential component of this capsid is the viral RNA polymerase that replicates and transcribes the enclosed viral genome. The polymerase complex structure is well characterized for many double-stranded RNA viruses. However, much less is known about the hierarchical molecular interactions that take place in building up such complexes. Using the bacteriophage Φ6 self-assembly system, we obtained novel insights into the processes that mediate polymerase subunit incorporation into the polymerase complex for generation of functional structures. The results presented pave the way for the exploitation and engineering of viral self-assembly processes for biomedical and synthetic biology applications. An understanding of viral assembly processes at the molecular level may also facilitate the development of antivirals that target viral capsid assembly.
リンクmBio / PubMed:30279282 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.8 Å
構造データ

EMDB-0245:
Structure of the in vitro assembled bacteriophage phi6 P1P4 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

由来
  • Pseudomonas phage phi6 (ファージ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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