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タイトルCryo-EM structures of the archaeal PAN-proteasome reveal an around-the-ring ATPase cycle.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 116, Issue 2, Page 534-539, Year 2019
掲載日2019年1月8日
著者Parijat Majumder / Till Rudack / Florian Beck / Radostin Danev / Günter Pfeifer / István Nagy / Wolfgang Baumeister /
PubMed 要旨Proteasomes occur in all three domains of life, and are the principal molecular machines for the regulated degradation of intracellular proteins. They play key roles in the maintenance of protein ...Proteasomes occur in all three domains of life, and are the principal molecular machines for the regulated degradation of intracellular proteins. They play key roles in the maintenance of protein homeostasis, and control vital cellular processes. While the eukaryotic 26S proteasome is extensively characterized, its putative evolutionary precursor, the archaeal proteasome, remains poorly understood. The primordial archaeal proteasome consists of a 20S proteolytic core particle (CP), and an AAA-ATPase module. This minimal complex degrades protein unassisted by non-ATPase subunits that are present in a 26S proteasome regulatory particle (RP). Using cryo-EM single-particle analysis, we determined structures of the archaeal CP in complex with the AAA-ATPase PAN (proteasome-activating nucleotidase). Five conformational states were identified, elucidating the functional cycle of PAN, and its interaction with the CP. Coexisting nucleotide states, and correlated intersubunit signaling features, coordinate rotation of the PAN-ATPase staircase, and allosterically regulate N-domain motions and CP gate opening. These findings reveal the structural basis for a sequential around-the-ring ATPase cycle, which is likely conserved in AAA-ATPases.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:30559193 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.69 - 7.04 Å
構造データ

EMDB-0209, PDB-6he4:
AAA-ATPase ring of PAN-proteasomes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.85 Å

EMDB-0210, PDB-6he5:
20S core particle of PAN-proteasomes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.12 Å

EMDB-0211, PDB-6he7:
20S proteasome from Archaeoglobus fulgidus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.69 Å

EMDB-0212, PDB-6he8:
PAN-proteasome in state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.86 Å

EMDB-0213, PDB-6he9:
PAN-proteasome in state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.35 Å

EMDB-0214, PDB-6hea:
PAN-proteasome in state 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.04 Å

EMDB-0215, PDB-6hec:
PAN-proteasome in state 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.95 Å

EMDB-0216, PDB-6hed:
PAN-proteasome in state 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.95 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • archaeoglobus fulgidus dsm 4304 (古細菌)
  • archaeoglobus fulgidus (strain atcc 49558 / vc-16 / dsm 4304 / jcm 9628 / nbrc 100126) (古細菌)
キーワードHYDROLASE / PAN / Proteasome / AAA-ATPase / Archaea

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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