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タイトルZNF598 Is a Quality Control Sensor of Collided Ribosomes.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 72, Issue 3, Page 469-481.e7, Year 2018
掲載日2018年11月1日
著者Szymon Juszkiewicz / Viswanathan Chandrasekaran / Zhewang Lin / Sebastian Kraatz / V Ramakrishnan / Ramanujan S Hegde /
PubMed 要旨Aberrantly slow translation elicits quality control pathways initiated by the ubiquitin ligase ZNF598. How ZNF598 discriminates physiologic from pathologic translation complexes and ubiquitinates ...Aberrantly slow translation elicits quality control pathways initiated by the ubiquitin ligase ZNF598. How ZNF598 discriminates physiologic from pathologic translation complexes and ubiquitinates stalled ribosomes selectively is unclear. Here, we find that the minimal unit engaged by ZNF598 is the collided di-ribosome, a molecular species that arises when a trailing ribosome encounters a slower leading ribosome. The collided di-ribosome structure reveals an extensive 40S-40S interface in which the ubiquitination targets of ZNF598 reside. The paucity of 60S interactions allows for different ribosome rotation states, explaining why ZNF598 recognition is indifferent to how the leading ribosome has stalled. The use of ribosome collisions as a proxy for stalling allows the degree of tolerable slowdown to be tuned by the initiation rate on that mRNA; hence, the threshold for triggering quality control is substrate specific. These findings illustrate how higher-order ribosome architecture can be exploited by cellular factors to monitor translation status.
リンクMol Cell / PubMed:30293783 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 6.8 Å
構造データ

0192

6hcf

EMDB-0192, PDB-6hcf:
Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on globin mRNA at the stop codon
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

0194

6hcj

EMDB-0194, PDB-6hcj:
Structure of the rabbit 80S ribosome on globin mRNA in the rotated state with A/P and P/E tRNAs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

0195

6hcm

EMDB-0195: Multi-body refined map of the rabbit 80S stalled on globin mRNA at the stop codon
PDB-6hcm: Structure of the rabbit collided di-ribosome (stalled monosome)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.8 Å

0197

6hcq

EMDB-0197: Multi-body refined map of the rabbit 80S collided with a stalled 80S
PDB-6hcq: Structure of the rabbit collided di-ribosome (collided monosome)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.5 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • Rabbit (ウサギ)
キーワードRIBOSOME / Translation / Quality Control

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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