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タイトルQuantitative Conformational Analysis of Functionally Important Electrostatic Interactions in the Intrinsically Disordered Region of Delta Subunit of Bacterial RNA Polymerase.
ジャーナル・号・ページJ Am Chem Soc, Vol. 141, Issue 42, Page 16817-16828, Year 2019
掲載日2019年10月23日
著者Vojtěch Kubáň / Pavel Srb / Hana Štégnerová / Petr Padrta / Milan Zachrdla / Zuzana Jaseňáková / Hana Šanderová / Dragana Vítovská / Libor Krásný / Tomáš Koval' / Jan Dohnálek / Joanna Ziemska-Legiecka / Marcin Grynberg / Patryk Jarnot / Aleksandra Gruca / Malene Ringkjøbing Jensen / Martin Blackledge / Lukáš Žídek /
PubMed 要旨Electrostatic interactions play important roles in the functional mechanisms exploited by intrinsically disordered proteins (IDPs). The atomic resolution description of long-range and local ...Electrostatic interactions play important roles in the functional mechanisms exploited by intrinsically disordered proteins (IDPs). The atomic resolution description of long-range and local structural propensities that can both be crucial for the function of highly charged IDPs presents significant experimental challenges. Here, we investigate the conformational behavior of the δ subunit of RNA polymerase from whose unfolded domain is highly charged, with 7 positively charged amino acids followed by 51 acidic amino acids. Using a specifically designed analytical strategy, we identify transient contacts between the two regions using a combination of NMR paramagnetic relaxation enhancements, residual dipolar couplings (RDCs), chemical shifts, and small-angle scattering. This strategy allows the resolution of long-range and local ensemble averaged structural contributions to the experimental RDCs, and reveals that the negatively charged segment folds back onto the positively charged strand, compacting the conformational sampling of the protein while remaining highly flexible in solution. Mutation of the positively charged region abrogates the long-range contact, leaving the disordered domain in an extended conformation, possibly due to local repulsion of like-charges along the chain. Remarkably, in vitro studies show that this mutation also has a significant effect on transcription activity, and results in diminished cell fitness of the mutated bacteria in vivo. This study highlights the importance of accurately describing electrostatic interactions for understanding the functional mechanisms of IDPs.
リンクJ Am Chem Soc / PubMed:31550880
手法SAS (X-ray synchrotron)
構造データ

SASDF58: Delta subunit of RNA polymerase, RNAP (B. subtilis), 10mM NaCl
手法: SAXS/SANS

SASDF68: Delta subunit of RNA polymerase, RNAP (B. subtilis), 200 mM NaCl
手法: SAXS/SANS

SASDF78: Delta subunit of RNA polymerase, RNAP (B. subtilis), 400 mM NaCl
手法: SAXS/SANS

SASDF88: Delta subunit of RNA polymerase, RNAP (B. subtilis), 800 mM NaCl
手法: SAXS/SANS

SASDF98: Delta subunit of RNA polymerase, RNAP (B. subtilis): Lysine to glutamate mutant, 10mM NaCl
手法: SAXS/SANS

SASDFA8: Delta subunit of RNA polymerase, RNAP (B. subtilis): Lysine to glutamate mutant, 200mM NaCl
手法: SAXS/SANS

SASDFB8: Delta subunit of RNA polymerase, RNAP (B. subtilis): Lysine to glutamate mutant, 400mM NaCl
手法: SAXS/SANS

SASDFC8: Delta subunit of RNA polymerase, RNAP (B. subtilis): Lysine to glutamate mutant, 800mM NaCl
手法: SAXS/SANS

由来
  • Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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