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タイトルSolution structures of long-acting insulin analogues and their complexes with albumin.
ジャーナル・号・ページActa Crystallogr D Struct Biol, Vol. 75, Issue Pt 3, Page 272-282, Year 2019
掲載日2019年3月1日
著者Line A Ryberg / Pernille Sønderby / Fabian Barrientos / Jens T Bukrinski / Günther H J Peters / Pernille Harris /
PubMed 要旨The lipidation of peptide drugs is one strategy to obtain extended half-lives, enabling once-daily or even less frequent injections for patients. The half-life extension results from a combination of ...The lipidation of peptide drugs is one strategy to obtain extended half-lives, enabling once-daily or even less frequent injections for patients. The half-life extension results from a combination of self-association and association with human serum albumin (albumin). The self-association and association with albumin of two insulin analogues, insulin detemir and insulin degludec, were investigated by small-angle X-ray scattering (SAXS) and dynamic light scattering (DLS) in phenolic buffers. Detemir shows concentration-dependent self-association, with an equilibrium between hexamer, dihexamer, trihexamer and larger species, while degludec appears as a dihexamer independent of concentration. The solution structure of the detemir trihexamer has a bent shape. The stoichiometry of the association with albumin was studied using DLS. For albumin-detemir the molar stoichiometry was determined to be 1:6 (albumin:detemir ratio) and for albumin-degludec it was between 1:6 and 1:12 (albumin:degludec ratio). Batch SAXS measurements of a 1:6 albumin:detemir concentration series revealed a concentration dependence of complex formation. The data allowed the modelling of a complex between albumin and a detemir hexamer and a complex consisting of two albumins binding to opposite ends of a detemir dihexamer. Measurements of size-exclusion chromatography coupled to SAXS revealed a complex between a degludec dihexamer and albumin. Based on the results, equilibria for the albumin-detemir and albumin-degludec mixtures are proposed.
リンクActa Crystallogr D Struct Biol / PubMed:30950398
手法SAS (X-ray synchrotron)
構造データ

SASDE26:
Albumin-insulin degludec 1:12 complex (Human Albumin (Recombumin(R) Elite, Albumedix Ltd.) + Insulin degludec(Tresiba(R), Novo Nordisk A/S))
手法: SAXS/SANS

SASDEV5:
Insulin detemir tri-hexamer (Insulin detemir)
手法: SAXS/SANS

SASDEW5:
Albumin-insulin detemir 1:6 complex, binding in Südlow's Site II
手法: SAXS/SANS

SASDEX5:
Albumin-insulin detemir 1:6 complex, binding in Südlow's Site I
手法: SAXS/SANS

SASDEY5:
Albumin-insulin detemir 2:12 complex, P1 symmetry (Human Albumin (Recombumin(R) Alpha, Albumedix Ltd.) + Insulin detemir (Levemir(R), Novo Nordisk A/S))
手法: SAXS/SANS

SASDEZ5:
Albumin-insulin detemir 2:12 complex, P2 symmetry (Human Albumin (Recombumin(R) Alpha, Albumedix Ltd.) + Insulin detemir (Levemir(R), Novo Nordisk A/S))
手法: SAXS/SANS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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