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タイトルInhibitor-Induced Dimerization of an Essential Oxidoreductase from African Trypanosomes.
ジャーナル・号・ページAngew Chem Int Ed Engl, Vol. 58, Issue 11, Page 3640-3644, Year 2019
掲載日2019年3月11日
著者Annika Wagner / Thien Anh Le / Martha Brennich / Philipp Klein / Nicole Bader / Erika Diehl / Daniel Paszek / A Katharina Weickhmann / Natalie Dirdjaja / R Luise Krauth-Siegel / Bernd Engels / Till Opatz / Hermann Schindelin / Ute A Hellmich /
PubMed 要旨Trypanosomal and leishmanial infections claim tens of thousands of lives each year. The metabolism of these unicellular eukaryotic parasites differs from the human host and their enzymes thus ...Trypanosomal and leishmanial infections claim tens of thousands of lives each year. The metabolism of these unicellular eukaryotic parasites differs from the human host and their enzymes thus constitute promising drug targets. Tryparedoxin (Tpx) from Trypanosoma brucei is the essential oxidoreductase in the parasite's hydroperoxide-clearance cascade. In vitro and in vivo functional assays show that a small, selective inhibitor efficiently inhibits Tpx. With X-ray crystallography, SAXS, analytical SEC, SEC-MALS, MD simulations, ITC, and NMR spectroscopy, we show how covalent binding of this monofunctional inhibitor leads to Tpx dimerization. Intra- and intermolecular inhibitor-inhibitor, protein-protein, and inhibitor-protein interactions stabilize the dimer. The behavior of this efficient antitrypanosomal molecule thus constitutes an exquisite example of chemically induced dimerization with a small, monovalent ligand that can be exploited for future drug design.
リンクAngew Chem Int Ed Engl / PubMed:30605929
手法SAS (X-ray synchrotron) / X線回折
解像度1.6 - 1.8 Å
構造データ

SASDE24:
Tryparedoxin, in the presence of inhibitor CFT (2-(chloromethyl)-5-(4-fluorophenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one)
手法: SAXS/SANS

SASDE34:
Tryparedoxin W39A, reduced state (Tryparedoxin W39A)
手法: SAXS/SANS

SASDE44:
Tryparedoxin W39A, oxidized state (Tryparedoxin W39A)
手法: SAXS/SANS

SASDE54:
Tryparedoxin W39A, in the presence of inhibitor CFT (2-(chloromethyl)-5-(4-fluorophenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one)
手法: SAXS/SANS

SASDE64:
Tryparedoxin W70A, reduced state (Tryparedoxin W70A)
手法: SAXS/SANS

SASDE74:
Tryparedoxin W70A, oxidized state (Tryparedoxin W70A)
手法: SAXS/SANS

SASDE84:
Tryparedoxin W70A, in the presence of inhibitor CFT (2-(chloromethyl)-5-(4-fluorophenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one)
手法: SAXS/SANS

SASDE94:
Tryparedoxin I109A, reduced state (Tryparedoxin I109A)
手法: SAXS/SANS

SASDEA4:
Tryparedoxin I109A, oxidized state (Tryparedoxin I109A)
手法: SAXS/SANS

SASDEB4:
Tryparedoxin I109A, in the presence of inhibitor CFT (2-(chloromethyl)-5-(4-fluorophenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one)
手法: SAXS/SANS

SASDEF4:
Tryparedoxin K102E, reduced state (Tryparedoxin K102E)
手法: SAXS/SANS

SASDEG4:
Tryparedoxin K102E, oxidized state (Tryparedoxin K102E)
手法: SAXS/SANS

SASDEH4:
Tryparedoxin K102E, in the presence of inhibitor CFT (2-(chloromethyl)-5-(4-fluorophenyl)thieno[2,3-d]pyrimidin-4(3H)-one)
手法: SAXS/SANS

SASDEY3:
Tryparedoxin, reduced state (Tryparedoxin)
手法: SAXS/SANS

SASDEZ3:
Tryparedoxin, oxidized state (Tryparedoxin)
手法: SAXS/SANS

PDB-6gxg:
Tryparedoxin from Trypanosoma brucei in complex with CFT
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-6gxy:
Tryparedoxin from Trypanosoma brucei in complex with CFT
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

化合物

ChemComp-FFN:
5-(4-fluorophenyl)-2-methyl-3~{H}-thieno[2,3-d]pyrimidin-4-one

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Covalent Inhibitor / Photoreduction / Inhibitor-Induced Dimerization / Monomer-Dimer Mixture

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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