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タイトルConformational States of ABC Transporter MsbA in a Lipid Environment Investigated by Small-Angle Scattering Using Stealth Carrier Nanodiscs.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 26, Issue 8, Page 1072-11079.e4, Year 2018
掲載日2018年8月7日
著者Inokentijs Josts / Julius Nitsche / Selma Maric / Haydyn D Mertens / Martine Moulin / Michael Haertlein / Sylvain Prevost / Dmitri I Svergun / Sebastian Busch / V Trevor Forsyth / Henning Tidow /
PubMed 要旨Structural studies of integral membrane proteins (IMPs) are challenging, as many of them are inactive or insoluble in the absence of a lipid environment. Here, we describe an approach making use of ...Structural studies of integral membrane proteins (IMPs) are challenging, as many of them are inactive or insoluble in the absence of a lipid environment. Here, we describe an approach making use of fractionally deuterium labeled "stealth carrier" nanodiscs that are effectively invisible to low-resolution neutron diffraction and enable structural studies of IMPs in a lipidic native-like solution environment. We illustrate the potential of the method in a joint small-angle neutron scattering (SANS) and X-ray scattering (SAXS) study of the ATP-binding cassette (ABC) transporter protein MsbA solubilized in the stealth nanodiscs. The data allow for a direct observation of the signal from the solubilized protein without contribution from the surrounding lipid nanodisc. Not only the overall shape but also differences between conformational states of MsbA can be reliably detected from the scattering data, demonstrating the sensitivity of the approach and its general applicability to structural studies of IMPs.
リンクStructure / PubMed:29937358
手法SAS (neutron source) / SAS (X-ray synchrotron)
構造データ

SASDDB5:
MsbA in stealth nanodisc (SANS, 100% D2O) (Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA, MsbA + Membrane scaffold protein 1D1 (deuterated, 75%), d75-msp1d1 + 1-palmitoyl-2-palmitoleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (deuteration: 78% head, 92% acyl), d(78,92)-POPC)
手法: SAXS/SANS

SASDDC5: MsbA in stealth nanodisc (SANS, 100% D2O) + 1 mM ADP
手法: SAXS/SANS

SASDDD5: MsbA in stealth nanodisc (SAXS) (Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA, MsbA + Membrane scaffold protein 1D1 (deuterated, 75%), d75-msp1d1 + 1-palmitoyl-2-palmitoleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (deuteration: 78% head, 92% acyl), d(78,92)-POPC)
手法: SAXS/SANS

SASDDE5: NBD-MsbA (apo) (Nucleotide Binding Domain of Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA, NBD-MsbA)
手法: SAXS/SANS

SASDDF5: NBD-MsbA (+1mM ADP) (Nucleotide Binding Domain of Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA, NBD-MsbA)
手法: SAXS/SANS

由来
  • Escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • Escherichia coli.

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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