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タイトルCombined roles of ATP and small hairpin RNA in the activation of RIG-I revealed by solution-based analysis.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 46, Issue 6, Page 3169-3186, Year 2018
掲載日2018年4月6日
著者Neelam Shah / Simone A Beckham / Jacqueline A Wilce / Matthew C J Wilce /
PubMed 要旨RIG-I (retinoic acid inducible gene-I) is a cytosolic innate immune protein that senses viral dsRNA with a 5'-triphosphate overhang. Upon interaction with dsRNA a de-repression of the RIG-I CARD ...RIG-I (retinoic acid inducible gene-I) is a cytosolic innate immune protein that senses viral dsRNA with a 5'-triphosphate overhang. Upon interaction with dsRNA a de-repression of the RIG-I CARD domains takes place that ultimately leads to the production of type I interferons and pro-inflammatory cytokines. Here we investigate the RIG-I conformational rearrangement upon interaction with an activating 5'-triphosphate-10-base pair dsRNA hairpin loop (10bp) compared with a less active 5'-triphosphate-8-base pair dsRNA hairpin loop (8bp). We use size-exclusion chromatography-coupled small-angle X-ray scattering (SAXS) and limited tryptic digest experiments to show that that upon binding to 10 bp, but not 8 bp, RIG-I becomes extended and shows greater flexibility, reflecting the release of its CARDs. We also examined the effect of different ATP analogues on the conformational changes of RIG-I/dsRNA complexes. Of the analogues tested, the addition of ATP transition state analogue ADP-AlFx further assisted in the complete activation of RIG-I in complex with 10bp and also to some extent RIG-I bound to 8bp. Together these data provide solution-based evidence for the molecular mechanism of innate immune signaling by RIG-I as stimulated by short hairpin RNA and ATP.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:29346611 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron)
構造データ

SASDB78:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I)
手法: SAXS/SANS

SASDB88:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) plus ADP-AlFx
手法: SAXS/SANS

SASDB98:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) plus bound 10mer hairpin dsRNA
手法: SAXS/SANS

SASDBA8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) plus 10mer hairpin dsRNA /AMP-PNP
手法: SAXS/SANS

SASDBB8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) plus 10mer hairpin dsRNA and ADP-AlFx
手法: SAXS/SANS

SASDBD8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) plus 8mer hairpin dsRNA (SEC-peak1)
手法: SAXS/SANS

SASDBE8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) 8mer hairpin dsRNA/AMP-PNP (SEC-peak1)
手法: SAXS/SANS

SASDBF8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) 8mer hairpin dsRNA/ADP-AlFx (SECpeak1)
手法: SAXS/SANS

SASDBG8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 without CARDs (Delta-CARDs RIG-I)
手法: SAXS/SANS

SASDBH8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 without CARDs (Delta-CARDs RIG-I) plus ADP-AlFx
手法: SAXS/SANS

SASDBJ8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 without CARDs (Delta-CARDs RIG-I) plus 10mer hairpin dsRNA
手法: SAXS/SANS

SASDBK8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Delta-CARDs RIG-I) plus 10mer hairpin dsRNA and AMP-PNP
手法: SAXS/SANS

SASDBL8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Delta-CARDs RIG-I) plus 10mer hairpin dsRNA and ADP-AlFx
手法: SAXS/SANS

SASDBM8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Delta-CARDs RIG-I) plus 8mer hairpin dsRNA (SEC-peak1)
手法: SAXS/SANS

SASDBN8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Delta-CARDs) plus 8mer hairpin dsRNA/AMP-PNP (SEC-peak1)
手法: SAXS/SANS

SASDBP8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Delta-CARDs) plus 8mer hairpin dsRNA/ADP-AlFx (SEC-peak1)
手法: SAXS/SANS

SASDBQ8: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) plus 8mer hairpin dsRNA (SEC-peak2)
手法: SAXS/SANS

SASDBR8: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I), 8mer hairpin dsRNA/AMP-PNP (SECpeak2)
手法: SAXS/SANS

SASDBS8: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) 8mer hairpin dsRNA/ADP-AlFx (SECpeak2)
手法: SAXS/SANS

SASDBT8: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Delta-CARDs RIG-I) plus 8mer hairpin dsRNA (SEC-peak2)
手法: SAXS/SANS

SASDBU8: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Delta-CARDs) plus 8mer hairpin dsRNA/AMP-PNP (SEC-peak2)
手法: SAXS/SANS

SASDBV8:
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Delta-CARDs) plus 8mer hairpin dsRNA/ADP-AlFx (SEC-peak2)
手法: SAXS/SANS

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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