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Structure paper

タイトルStructure and target interaction of a G-quadruplex RNA-aptamer.
ジャーナル・号・ページRNA Biol, Vol. 13, Issue 10, Page 973-987, Year 2016
掲載日2016年10月2日
著者Kristina Szameit / Katharina Berg / Sven Kruspe / Erica Valentini / Eileen Magbanua / Marcel Kwiatkowski / Isaure Chauvot de Beauchêne / Boris Krichel / Kira Schamoni / Charlotte Uetrecht / Dmitri I Svergun / Hartmut Schlüter / Martin Zacharias / Ulrich Hahn /
PubMed 要旨G-quadruplexes have recently moved into focus of research in nucleic acids, thereby evolving in scientific significance from exceptional secondary structure motifs to complex modulators of gene ...G-quadruplexes have recently moved into focus of research in nucleic acids, thereby evolving in scientific significance from exceptional secondary structure motifs to complex modulators of gene regulation. Aptamers (nucleic acid based ligands with recognition properties for a specific target) that form Gquadruplexes may have particular potential for therapeutic applications as they combine the characteristics of specific targeting and Gquadruplex mediated stability and regulation. We have investigated the structure and target interaction properties of one such aptamer: AIR-3 and its truncated form AIR-3A. These RNA aptamers are specific for human interleukin-6 receptor (hIL-6R), a key player in inflammatory diseases and cancer, and have recently been exploited for in vitro drug delivery studies. With the aim to resolve the RNA structure, global shape, RNA:protein interaction site and binding stoichiometry, we now investigated AIR-3 and AIR-3A by different methods including RNA structure probing, Small Angle X-ray scattering and microscale thermophoresis. Our findings suggest a broader spectrum of folding species than assumed so far and remarkable tolerance toward different modifications. Mass spectrometry based binding site analysis, supported by molecular modeling and docking studies propose a general Gquadruplex affinity for the target molecule hIL-6R.
リンクRNA Biol / PubMed:27471797 / PubMed Central
手法SAS (X-ray synchrotron)
構造データ

SASDAT7:
Aptamer AIR-3 5FU (AIR3-5FU)
手法: SAXS/SANS

SASDAU7:
Aptamer AIR-3 FdU (AIR3-FdU)
手法: SAXS/SANS

SASDAV7:
Aptamer AIR-3A (AIR-3A)
手法: SAXS/SANS

SASDAW7: Aptamer AIR-3A 2'FU (AIR-3A 2'FU)
手法: SAXS/SANS

SASDAX7: Aptamer AIR-3A G18U (AIR-3A G18U)
手法: SAXS/SANS

SASDAY7:
IL-6R tetramer-dimer equilibrium (Interleukin-6 receptor subunit alpha, IL-6R + Interleukin-6 receptor subunit alpha, IL-6R)
手法: SAXS/SANS

SASDAZ7:
IL-6R AIR-3A 2:4 complex (AIR-3A + Interleukin-6 receptor subunit alpha, IL-6R)
手法: SAXS/SANS

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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