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Structure paper

タイトルStructural visualization of de novo transcription initiation by Saccharomyces cerevisiae RNA polymerase II.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 82, Issue 3, Page 660-676.e9, Year 2022
掲載日2022年2月3日
著者Chun Yang / Rina Fujiwara / Hee Jong Kim / Pratik Basnet / Yunye Zhu / Jose J Gorbea Colón / Stefan Steimle / Benjamin A Garcia / Craig D Kaplan / Kenji Murakami /
PubMed 要旨Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous ...Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous to capture pol II in the initiating state. Here, we report multiple structures of initiation complexes converted de novo from a 33-subunit yeast pre-initiation complex (PIC) through catalytic activities and subsequently stalled at different template positions. We determine that PICs in the initially transcribing complex (ITC) can synthesize a transcript of ∼26 nucleotides before transitioning to an elongation complex (EC) as determined by the loss of general transcription factors (GTFs). Unexpectedly, transition to an EC was greatly accelerated when an ITC encountered a downstream EC stalled at promoter proximal regions and resulted in a collided head-to-end dimeric EC complex. Our structural analysis reveals a dynamic state of TFIIH, the largest of GTFs, in PIC/ITC with distinct functional consequences at multiple steps on the pathway to elongation.
リンクMol Cell / PubMed:35051353 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 7.6 Å
構造データ

23789

7mei

EMDB-23789, PDB-7mei:
Composite structure of EC+EC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

23887

7mk9

EMDB-23887, PDB-7mk9:
Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

23888

7mka

EMDB-23888, PDB-7mka:
Structure of EC+EC (leading EC-focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

23904

7ml0

EMDB-23904, PDB-7ml0:
RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

23905

7ml1

EMDB-23905, PDB-7ml1:
RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

23906

7ml2

EMDB-23906, PDB-7ml2:
RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

23907

7ml3

EMDB-23907, PDB-7ml3:
General transcription factor TFIIH (weak binding)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

23908

7ml4

EMDB-23908, PDB-7ml4:
RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • baker's yeast (パン酵母)
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / pol II / PIC / TFIIH (TFIIH) / ITC / RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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