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タイトルScaffolding protein CcmM directs multiprotein phase separation in β-carboxysome biogenesis.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 28, Issue 11, Page 909-922, Year 2021
掲載日2021年11月10日
著者Kun Zang / Huping Wang / F Ulrich Hartl / Manajit Hayer-Hartl /
PubMed 要旨Carboxysomes in cyanobacteria enclose the enzymes Rubisco and carbonic anhydrase to optimize photosynthetic carbon fixation. Understanding carboxysome assembly has implications in agricultural ...Carboxysomes in cyanobacteria enclose the enzymes Rubisco and carbonic anhydrase to optimize photosynthetic carbon fixation. Understanding carboxysome assembly has implications in agricultural biotechnology. Here we analyzed the role of the scaffolding protein CcmM of the β-cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942 in sequestrating the hexadecameric Rubisco and the tetrameric carbonic anhydrase, CcaA. We find that the trimeric CcmM, consisting of γCAL oligomerization domains and linked small subunit-like (SSUL) modules, plays a central role in mediation of pre-carboxysome condensate formation through multivalent, cooperative interactions. The γCAL domains interact with the C-terminal tails of the CcaA subunits and additionally mediate a head-to-head association of CcmM trimers. Interestingly, SSUL modules, besides their known function in recruiting Rubisco, also participate in intermolecular interactions with the γCAL domains, providing further valency for network formation. Our findings reveal the mechanism by which CcmM functions as a central organizer of the pre-carboxysome multiprotein matrix, concentrating the core components Rubisco and CcaA before β-carboxysome shell formation.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:34759380 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.63 - 8.0 Å
構造データ

EMDB-12730:
SSUL-gCAL mediating Synechococcus elongatus PCC 7942 M58 homo-demixing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-12731:
Structure of the repeat unit in the network formed by CcmM full length isoform and Rubisco from Synechococcus elongatus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-12732:
CryoEM structure of the interaction between CcmM full length isoform (SSUL) domain with RbcL8 core from Synechococcus elongatus PCC 7942
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

PDB-7o4z:
Crystal structure of the carbonic anhydrase-like domain of CcmM from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-7o54:
Crystal structure of the carbonic anhydrase-like domain of CcmM in complex with the C-terminal 17 residues of CcaA from Synechococcus elongatus (strain PCC 7942)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

化合物

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION / ニッケル

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
  • synechococcus elongatus (strain pcc 7942 / fachb-805) (バクテリア)
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / protein binding carboxysome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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