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タイトルCryo-EM structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 in damaged DNA opening in nucleotide excision repair.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 3338, Year 2021
掲載日2021年6月7日
著者Trevor van Eeuwen / Yoonjung Shim / Hee Jong Kim / Tingting Zhao / Shrabani Basu / Benjamin A Garcia / Craig D Kaplan / Jung-Hyun Min / Kenji Murakami /
PubMed 要旨The versatile nucleotide excision repair (NER) pathway initiates as the XPC-RAD23B-CETN2 complex first recognizes DNA lesions from the genomic DNA and recruits the general transcription factor ...The versatile nucleotide excision repair (NER) pathway initiates as the XPC-RAD23B-CETN2 complex first recognizes DNA lesions from the genomic DNA and recruits the general transcription factor complex, TFIIH, for subsequent lesion verification. Here, we present a cryo-EM structure of an NER initiation complex containing Rad4-Rad23-Rad33 (yeast homologue of XPC-RAD23B-CETN2) and 7-subunit coreTFIIH assembled on a carcinogen-DNA adduct lesion at 3.9-9.2 Å resolution. A ~30-bp DNA duplex could be mapped as it straddles between Rad4 and the Ssl2 (XPB) subunit of TFIIH on the 3' and 5' side of the lesion, respectively. The simultaneous binding with Rad4 and TFIIH was permitted by an unwinding of DNA at the lesion. Translocation coupled with torque generation by Ssl2 and Rad4 would extend the DNA unwinding at the lesion and deliver the damaged strand to Rad3 (XPD) in an open form suitable for subsequent lesion scanning and verification.
リンクNat Commun / PubMed:34099686 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 - 9.25 Å
構造データ

22576

7m2u

EMDB-22576: TFIIH/Rad4-23-33 Complex in NER focused on Rad4-33
PDB-7m2u: Nucleotide Excision Repair complex TFIIH Rad4-33
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

22587

7k01

EMDB-22587, PDB-7k01:
Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

22588

7k04

EMDB-22588, PDB-7k04:
Structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33/DNA in DNA opening
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.25 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • Baker's yeast (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードNUCLEAR PROTEIN/Transferase / TFIIH (TFIIH) / Rad4 / Rad4/23 / XPC / NER / Nucleotide Excision Repair (ヌクレオチド除去修復) / GG-NER / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN-Transferase complex / NUCLEAR PROTEIN/DNA / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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