[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural and Functional Analyses of the Tridomain-Nonribosomal Peptide Synthetase FmoA3 for 4-Methyloxazoline Ring Formation.
ジャーナル・号・ページAngew Chem Int Ed Engl, Vol. 60, Issue 26, Page 14554-14562, Year 2021
掲載日2021年6月21日
著者Yohei Katsuyama / Kaoru Sone / Ayaka Harada / Seiji Kawai / Naoki Urano / Naruhiko Adachi / Toshio Moriya / Masato Kawasaki / Kazuo Shin-Ya / Toshiya Senda / Yasuo Ohnishi /
PubMed 要旨Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are attractive targets for bioengineering to generate useful peptides. FmoA3 is a single modular NRPS composed of heterocyclization (Cy), adenylation (A), and ...Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are attractive targets for bioengineering to generate useful peptides. FmoA3 is a single modular NRPS composed of heterocyclization (Cy), adenylation (A), and peptidyl carrier protein (PCP) domains. It uses α-methyl-l-serine to synthesize a 4-methyloxazoline ring, probably with another Cy domain in the preceding module FmoA2. Here, we determined the head-to-tail homodimeric structures of FmoA3 by X-ray crystallography (apo-form, with adenylyl-imidodiphosphate and α-methyl-l-seryl-AMP) and cryogenic electron microscopy single particle analysis, and performed site-directed mutagenesis experiments. The data revealed that α-methyl-l-serine can be accommodated in the active site because of the extra space around Ala688. The Cy domains of FmoA2 and FmoA3 catalyze peptide bond formation and heterocyclization, respectively. FmoA3's Cy domain seems to lose its donor PCP binding activity. The collective data support a proposed catalytic cycle of FmoA3.
リンクAngew Chem Int Ed Engl / PubMed:33783097
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.45 - 4.1 Å
構造データ

EMDB-30440:
Cryo-EM analysis of the nonribosomal peptide synthetase, FmoA3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

PDB-6lta:
Crystal Structure of Nonribosomal peptide synthetases (NRPS), FmoA3 (S1046A)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.45 Å

PDB-6ltb:
Crystal Structure of Nonribosomal peptide synthetases (NRPS), FmoA3 (S1046A)-AMPPNP bound form
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

PDB-6ltc:
Crystal Structure of Nonribosomal peptide synthetases (NRPS), FmoA3 (S1046A)-alpha-methyl-L-serine-AMP bound form
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-6ltd:
Crystal Structure of Nonribosomal peptide synthetases (NRPS), FmoA3 (S1046A)-alpha-methyl-L-serine-AMP bound form
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-AKR:
ACRYLIC ACID / アクリル酸 / アクリル酸

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM / アデニル酸

ChemComp-EW6:
alpha-methyl-L-serine / α-メチル-L-セリン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

由来
  • streptomyces sp. sp080513ge-23 (バクテリア)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Nonribosomal peptide synthetases (NRPS) / JBIR-34 and -35

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る