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タイトルHigh-resolution cryo-EM using beam-image shift at 200 keV.
ジャーナル・号・ページIUCrJ, Vol. 7, Issue Pt 6, Page 1179-1187, Year 2020
掲載日2020年11月1日
著者Jennifer N Cash / Sarah Kearns / Yilai Li / Michael A Cianfrocco /
PubMed 要旨Recent advances in single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) data collection utilize beam-image shift to improve throughput. Despite implementation on 300 keV cryo-EM instruments, it ...Recent advances in single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) data collection utilize beam-image shift to improve throughput. Despite implementation on 300 keV cryo-EM instruments, it remains unknown how well beam-image-shift data collection affects data quality on 200 keV instruments and the extent to which aberrations can be computationally corrected. To test this, a cryo-EM data set for aldolase was collected at 200 keV using beam-image shift and analyzed. This analysis shows that the instrument beam tilt and particle motion initially limited the resolution to 4.9 Å. After particle polishing and iterative rounds of aberration correction in , a 2.8 Å resolution structure could be obtained. This analysis demonstrates that software correction of microscope aberrations can provide a significant improvement in resolution at 200 keV.
リンクIUCrJ / PubMed:33209328 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 4.9 Å
構造データ

22754

7k9l

EMDB-22754, PDB-7k9l:
Aldolase, rabbit muscle (no beam-tilt refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

22755

7k9x

EMDB-22755, PDB-7k9x:
Aldolase, rabbit muscle (beam-tilt refinement x1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

22756

7ka2

EMDB-22756, PDB-7ka2:
Aldolase, rabbit muscle (beam-tilt refinement x2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

22757

7ka3

EMDB-22757, PDB-7ka3:
Aldolase, rabbit muscle (beam-tilt refinement x3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

22758

7ka4

EMDB-22758, PDB-7ka4:
Aldolase, rabbit muscle (beam-tilt refinement x4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
キーワードLYASE (リアーゼ) / glycolysis (解糖系) / gluconeogenesis (糖新生) / Carbohydrate degradation / Homotetramer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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